孑遗植物，也称活化石植物。它们起源久远，大部分因为地质、气候的变化而灭绝，成为化石，只有少数尚存在很小的范围内。这些植物的形状和在化石中发现的植物基本相同，保留了其远古祖先的原始形状。
孑遗植物华盖木，又称缎子绿豆树，树冠亭亭如盖，十分壮美，最大植株高达40多米，为国家一级重点保护野生植物。野生华盖木数量十分稀少，被称为植物界“大熊猫”。
（华盖木 国家一级保护植物）
1977年，被誉为"华盖木之父"的中科院华南植物研究所的木兰科植物学家刘玉壶教授，在人迹罕至的西畴县原始森林中发现了5株被当地群众称为“缎子绿豆树”的天然野生华盖木，树龄在200年以上，株高46米，光滑树干高达30米，胸径1.3米。目前，全世界发现仅存的10株野生华盖木，全部分布在文山州境内。
（华盖木 国家一级保护植物）
蒜头果也是特有的孑（jié）遗物种，其分布区仅残存于文山州富宁、广南等地，1987年被列为国家二级保护植物，国际保护组织将其列为濒危保护物种。
（蒜头果 中华神经酸树 国家二级重点保护野生植物）
蚬（xiǎn）木是国家二级重点保护野生植物，文山州马关县古林箐保护区有全国分布最广、面积最大（13000亩）、保存最完整的蚬（xiǎn）木林。
（蚬（xiǎn）木 国家二级重点保护野生植物）
此外，伯乐树、金钱槭（qì）、水青树等众多国家级保护植物，西畴青冈、古林箐秋海棠等珍稀极小种群植物在文山均有分布。
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