增值税专用发票（以下简称专票）由国务院税务主管部门指定的企业印制，而增值税普通发票（以下简称普票），由省、自治区、直辖市国家税务局、地方税务局指定企业印制。
两者的主要区别在于：1.用处不同：专票可以用来抵扣进项，而普票只能抵扣成本票。2．开票主体不同：增值税专用发票一般只能由增值税一般纳税人领购使用，小规模纳税人需要使用的，只能经税务机关批准后由当地的税务机关代开；普通发票则可以由从事经营活动并办理了税务登记的各种纳税人领购使用，未办理税务登记的纳税人也可以向税务机关申请领购使用普通发票。3．发票的内容不同：普通发票内容一般包括票头、字轨号码、联次及用途、客户名称、银行开户账号、商（产）品名称或经营项目、计量单位、数量、单价、金额，以及大小写金额、经手人、单位印章、开票日期等。而专用发票除了上述内容外，还包括纳税人税务登记号、不含增值税金额、适用税率、应纳增值税额等。4．发票的联次不同：增值税专用发票有三个联次和七个联次两种，第一联为记账联（用于销售方记账），第二联为发票联（用于购买方记账)，第三联为抵扣联(用作购买方扣税凭证)，七联次的其他三联为备用联，分别作为企业出门证、检查和仓库留存用；普通发票则只有三联，第一联为存根联，第二联为发票联，第三联为记账联。
在某些情况下，比如，当企业账户处理不规范或缺失进项，有真实经营的现金支出，但无法取得合理凭证的企业。此时，可以通过园区设立个人独资企业或者个体工商户，解决税务凭证和账户无进项问题。
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