公元1368年1月23日(阴历戊申年元月四日)，朱元璋于应天即皇帝位，改元洪武，宣告大明国建立。
登基后第三日，即洪武元年元月六日，朱元璋在奉天殿大宴群臣，重新审定、任命诸官。
刘基和章溢在上一年十月九日已被任命为御史中丞，朱元璋对他们的官职并未更改，而是重申前命。
其中，朱元璋授刘基御史中丞的《御史中承诰》中，大大地表彰了一番刘基的功劳。
文中出现了“刘基学贯天人，资兼文武，其气刚正，其才宏博。议论之顷，驰骋乎千古；扰攘之际，控驭乎一方”这样的话语。
另外，宋濂写给章溢、收录在《宋文宪公全集》卷四中的《御史中承章公神道碑》里也有记：上爱公(章溢)甚，尝与公及刘君(刘基)曰：‘二先生年向耄，恐感霜露致疾，善自卫摄，不宜早趋朝也。’”
可见朱元璋对两个御史中丞刘基和章溢是非常敬重的。
然而，两年之后，洪武三年十一月，当大将军徐达、左副将军李文忠等从塞外班师还朝、奉上平沙漠表，朱元璋大封功臣勋爵。
这一次较之洪武元年那次，要正式得多了。
封公的有六个人，分别是韩国公李善长，食禄四千石；魏国公徐达，食禄五千石；郑国公开平忠武王常遇春之子常茂，食禄三千石；曹国公李文忠，食禄三千石；宋国公冯胜，食禄三千石；卫国公邓愈，食禄三千石。
六人之中，仅李善长一人为文臣。
封侯者二十八人，以汤和为首，全是武将。
公、侯都有食禄，并令子孙世袭。
封伯者二人，即汪广洋、刘基，都是文官。但两人的食禄多寡有别，汪广洋食禄为三百六十石，刘基只有二百四十石，差了一百二十石。
刘基的食禄二百四十石和李善长的食禄四千石相比，差得更远，且子孙不世袭。
而朱元璋给刘基的《诰书》与洪武元年的《御史中承诰》比，语气也差了许多。
文中只泛泛提了一句：“朕提师江左，兵至栝苍，尔基挺身来谒于金陵。”
后世多为刘基感到不平——正德九年（1513年）明武宗追赠刘基为太师，诰文里有“渡江策士无双，开国文臣第一”之句，朱元璋怎么在这次大封勋爵中只给刘基封了最末一等呢？不公平，太不公平了！
大家为刘基抱不平的同时，也在同情刘基的感受——猜刘基肯定会是无比委屈、无比愤懑。
但是，大家的猜想是错的。
刘基既不委屈、也不愤懑，而是心满意足，对朱元璋感恩戴德、千恩万谢。
其实，洪武元年，刘基拿到《御史中丞诰》任御史中丞不足半年就被朱元璋削职为民，打发还乡了。
大致原因有几个：
一、帝幸汴梁，基与左丞相善长居守。基谓宋、元宽纵失天下，今宜肃纪纲。令御史纠劾无所避，宿卫宦侍有过者，皆启皇太子置之法，人惮其严。中书省都事李彬坐贪纵抵罪，善长素昵之,请缓其狱。基不听，驰奏。报可。方祈雨，即斩之。由是与善长忤。
二、当时，“京城自夏至秋不雨，有司祷求不应”，刘基借祈雨的机会，向朱元璋提出了几个问题：1、朱元璋曾经要求“出征阵亡及病故军妻俱令于寡妇营居住，不许出营，令人巡绰及把门在外。男子无故入营问罪。”刘基却说“出征阵亡病故军妻数万，尽令寡妇营居住，阴气郁结”要求“寡妇听其嫁人，不愿者送还乡里依亲。”2、朱元璋恨张士诚，下令将投降过来的原张士诚部下头目全部充军，刘基却提出异议，说“张士诚投降头目不合充军”。3、工役人死，暴露尸体不收，要求朱元璋“工役人释放宁家”。
朱元璋全部依从，但仍是“旬日仍不雨”。朱元璋一怒之下，就下令：“刘基还乡为民，御史按察司官俱令自驾船只发汴梁安置，被问官吏赦罪还职。”
刘基触怒了朱元璋，无官无爵无职、失魂落魄地黯然返乡，一路上可谓冷冷清清凄凄惨惨戚戚。
在返乡途中，刘基百感伤悲之下，一口气写下了《旅兴》五十首，自怨自艾、伤生忧世。
回到老家，刘基愁怀难遣，又写了一首《老病叹》，叹自己百无一用，读之摧人泪下。
幸好，该次的落魄时间并不长，仅仅两个月之后，朱元璋就前嫌尽释，下诏宣刘基回京，并让他官复原职了。
官得原职之后，从洪武元年十一月末到洪武三年六月的这段时间里，刘基很是过了一段舒心日子。
但是，从洪武三年六月十五日起，刘基又重新陷入了一个困境中，并从根本上动摇了他在朝中的地位。
原来，前往应昌(今内蒙古克什克腾旗西北)北逐蒙元的左副将军李文忠传回捷奏：元顺帝安欢贴睦尔已病故于应昌，元嗣主爱猷识里达腊弃应昌而走。
当日，《明太祖实录》卷五十三记：“百官奏事奉天门，闻元主殂，遂相率拜贺。”
朱元璋本人也喜气洋洋地说：“元主守位三十余年，荒淫自恣，遂至于此。”
但是，在朝臣加额称庆的热烈氛围中，朱元璋双眉突然一拧，怒视治书侍御史刘炳，厌恶地说：“尔本元臣，今日之捷，尔不当贺也。”
朱元璋的话虽然不是直接对着刘基说的，但大家都把目光投向刘基。因为，刘基当时是朝廷中任职最高的曾食元禄者。
朱元璋回头命礼部榜示：凡北方捷至，尝任元者不许称贺。
过了两日，又召开群臣座谈会，语重心长地大谈“忠君”之道。
言下之意，像刘基之类从元朝阵营投过来的，都是“不忠”之徒。
刘基既被定性为“不忠”之人，则御史中丞一职便不好再当了。
果然，洪武三年七八月间，刘基再次被免去御史中丞。
如果说，刘基对第二次免职还有什么委屈的话，仅仅两个月之后，他的委屈就一扫而空了。
因为，另一个情况他和差不多的“不忠”之人，遭到了严厉的打压。
这个人是江西临川人危素。
危素，字太朴，治经术，有文名，曾在元朝短暂出仕，入明后曾得朱元璋厚待，授以翰林侍讲学士、中顺大夫知制诰同修国史。次年，兼弘文馆学士。朱元璋还命他撰《皇陵碑》文，可说是相当器重。
但在由元顺帝之死所掀起的这场“忠君”风波中，危素被列入“不忠”问题人士，遭监察御史王著等弹劾。朱元璋遂以“亡国之臣，不宜用”之由，把危素发往和州(今安徽和县)守为元朝殉节的余阙之庙，以此来羞辱他。
危素在元末文坛被尊为领袖人物，曾参与了《宋史》的修撰，且为官有政声，宋濂、高启、徐一夔等大儒都对他推崇备至，没想到竟落到了如此下场。
刘基只是仅仅被免去在朝官职，这情形可不要好得多？！
而更让他感到意外的是，在这年冬天，他还获赐诚意伯爵位！
所以，刘基在洪武四年初的返乡，算得上是荣归故里。
二月初四日刘基回到青田老家，顾不上舟车劳顿，他庆幸万分，并由衷感恩地写了一份《谢恩表》送呈朱元璋，其中称“伏以出草莱而遇真主，受荣宠而归故乡，此人人之所愿欲而不可得者也。”称赞“钦惟皇帝陛下以圣神文武之姿，提一旅之众，龙兴淮甸，扫除群雄。不数年间，遂定中原，奄有四海。神谟庙断，悉出圣衷。舜禹以来，未之有也”“圣德广大，不遗葑菲。远法唐虞功疑惟重之典，锡臣以封爵，赐臣以禄食，俾臣回还故乡，受荣宠以终其天年”。
《谢恩表》的最末，称“臣基无任激切屏营之至，谨奉表称谢，以闻。”
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