在江门上班，公司的社保是在深圳缴纳的，这说明虽然你们公司是在江门办公或是生产，但其实公司的注册地是在深圳，或是从深圳迁到江门的公司，其注册地仍然在深圳。我国的社保是按照属地管理的原则办理，公司的社保是按照注册地缴纳。即在哪个区县注册就在哪个区县办理社保缴费登记，这有点和我们公司当初的情况比较相似。
以前我们的公司的注册地是在重庆的永川区，以前的生产经营和公司总部也是在永川，员工来源也大部分在永川。后来随着化工企业的搬迁，公司的主要生产装置分别迁移到到原材料更为方便的西北地区，比如新疆、内蒙古、宁夏等地，这些迁到当地的公司是分别在当地注册的法人单位，所以在新疆工作的员工，或是在内蒙工作的员工，社保就需要当地缴纳，但从重庆派到这些地方工作的员工，可以由总公司签订劳动合同，继续在总公司缴纳社保。
从2010年以后，由于公司总部搬到了重庆的主城区办公，所有人员也从永川区搬到了主城区的公司总部办公，由于只是办公地点改在了主城区，注册地还是在永川区，所以在主城区的招聘的员工，或是从其他单位调入公司的员工，所有的社保关系全部都要转移到永川区，住房公积金也需要到永川区办理，公司员工达到法定的退休条件以后也要在永川区办理退休。由于重庆的所有社保都实现了市级统筹的，所以在哪里办理社保，在哪里办理退休，待遇都是没有任何区别的。
你现在的情况和我们公司的情况是一样的，虽然公司在江门开展业务，在江门办公，实际上公司的注册地是在深圳。由于广东省在2017年就制定了省级统筹方案，逐步实现缴费标准，退休待遇等的全省统一，所以在深圳缴费和在江门缴费区别不大。而且以前的深圳最低缴费标准，对于户籍不属于深圳或是广东省的员工，是按照深圳市职工最低工资标准作为缴费基数，深圳市的职工最低工资标准是每月2200元。
这对于外来员工，特别是非深户籍的职工来讲是非常吃亏的。每月2200元的缴费基数，除了厦门市以外，全国再也没有这么低的缴费基数。大家都说今后在深圳办理退休养老金会比较高，但是如果按照每月2200元的缴费基数缴纳职工养老保险，养老金也是全国最低的地方。
江门市的的最低缴费基数是按照上年度职工月平均工资的60%作为缴费基数，最低缴费基数2020年为3100元，江门是这个缴费基数其实也是比较低，甚至低于四川重庆等地的最低缴费下限。当然这只是最低的缴费下限，其实对于缴费基数的规定还有一条，就是要按照本人的实际工资来作为缴费基数，无论是深圳也好，江门也好，职工的实际工资最低也不可能低于每月2200元或是3100元，如果是按照本人的实际工资来缴费，今后退休的待遇可能会好很多。
按照广东省政府《完善企业职工基本养老保险省级统筹实施方案》的规定，方案实施前高于全省统一比例的，按照全省统一比例执行；低于全省统一比例的，原则上用三年时间逐步过渡至全省统一比例。国家明确统一企业职工基本养老保险单位缴费比例后，再逐步统一到全国要求。 也就是说今后不管是深圳的缴费比例还是江门的缴费比例，要用三年左右的时间过渡到全省统一。
在江门上班，社保在深圳缴纳，养老保险在深圳缴纳，对职工个人的影响不是很大，因为广东省养老保险省级统筹的方案已经逐步在执行，影响比较大的可能还是医疗保险，由于社保卡是深圳的，医保个人账户部分只能在深圳的定药店或是医院门诊看病时刷卡使用，在江门是无法用社保卡到定点药店刷卡买药的；但住院费只要办理省内的异地就医备案以后，在江门住院和在深圳住院区别不是很大。按照广东省医保局的规划，广东的医疗保险是力争在2020年底实现省级统筹，但是直到现在为止，还没有看到广东医疗保险省级的统筹的方案。
综上所述，在江门上班，在深圳缴纳社保，养老保险部分由于广东省已经实现省级统筹，今后最后在哪个地方缴费，就在哪个城市办理退休，不需要转移养老保险关系，所以对个人影响不是很大；在医疗保险还没有实现省级统筹之前，在深圳缴纳医疗保险，要在江门刷卡买药是无法刷卡的，要在江门住院还需要在深圳办理异地就医备案，对职工看病就医有一定的影响。
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