MET异常是ALK阳性肺癌中不可忽视的耐药机制（上）

编译：肿瘤资讯

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多数ALK阳性肺癌在接受二代ALK抑制剂后将产生非ALK依赖性耐药，在使用ALK抑制剂治疗的患者中报道过MET扩增，但仍然没有全面评估ALK阳性肺癌MET扩增的发生频率。一项发表在《临床肿瘤研究》（Clinical Cancer Research）杂志的研究对ALK阳性肺癌患者治疗后的207个组织（n=101）或血浆（n=106）标本进行MET基因异常检测，并评估了ALK抑制剂在MET异常的细胞系中的敏感性，以及ALK/MET抑制剂在ALK阳性细胞系和2例MET驱动的耐药患者中的抗肿瘤疗效。

研究背景

尽管ALK阳性非小细胞肺癌（NSCLC）患者最初对ALK-TKI治疗有效，但会不可避免的出现耐药。二代ALK-TKI的耐药约一半是由于ALK激酶结构域中的二次突变，这些ALK依赖性耐药机制可以使用第三代ALK-TKI Lorlatinib来克服；其余则为非ALK依赖性耐药。近期，Lorlatinib的耐药机制研究也表明约2/3的患者会发生非ALK依赖性耐药。目前，我们对非ALK依赖性耐药机制的了解仍知之甚少。在临床前研究中，多种旁路机制已被发现，包括MET、EGFR、SRC和IGF1R激活。其中，鉴于MET-TKI潜在的可行性，MET是非常值得关注的靶点。

研究方法

从2014年至2019年间进行分子谱分析的136例ALK阳性转移性NSCLC患者中获取了耐药标本。使用荧光原位杂交（FISH）或FoundationOne检测量化MET拷贝数。对于FISH检测的患者，MET扩增定义为MET拷贝数与7号染色体着丝粒数的比值（MET/CEP7）≥2.2，MET/CEP7≥4认为是高水平扩增。对于FoundationOne检测的患者，MET扩增定义为MET/CEP7≥6。对于Guardant360检测的患者，MET扩增定义为血浆绝对拷贝数≥2.1。由于尚未正式验证基于麻省总医院（MGH）SNaPshot二代测序（NGS）的MET拷贝数分析，因此该测定法未用于检测MET扩增。MET重排和突变、ALK突变使用FoundationOne或MGH SNaPshot检测。Guardant360用于检测血浆MET和ALK突变，但不可检测MET重排。

从Lorlatinib治疗前的胸水和Lorlatinib治疗复发后的胸水中构建细胞系，确认存在ALK重排、MET重排和MET扩增。

图1. 使用4种不同测定方法分析的标本数量

研究结果

为了研究与ALK-TKI耐药相关的分子变化情况，研究分析了来自136例ALK阳性NSCLC患者ALK-TKI治疗后的207个组织（n=101）和血浆（n=106）标本。研究患者的临床病理特征与ALK阳性NSCLC人群一致。207个标本中，12个来自克唑替尼治疗后复发且未使用其他ALK-TKI的患者。大多数（n=136/207，66%）标本来自使用第二代ALK-TKI进展的患者。其余59个（29%）标本来自Lorlatinib治疗复发的患者。总体而言，ALK激酶结构域突变在73个经NGS检测的组织活检的34个（47%）标本中检测到，提示大部分耐药病例缺乏继发性ALK突变，并且可能具有非ALK依赖性耐药机制。

1. 组织标本中的MET扩增

使用FISH或FoundationOne检测86个组织标本中的MET拷贝数，发现11个（13%）活检标本具有MET扩增，包括4个低水平MET扩增（MET/CEP7 2.4–3.9）和6个FISH（MET/CEP7 5.2 to >25）或NGS（16-19 MET拷贝数）检测的高水平扩增。11个标本中的3个具有更早时间点的组织标本以检测MET拷贝数，然而没有一个具有MET扩增，这支持MET扩增为获得性的。在11个活检中未发现与耐药或旁路信号转导潜在相关的其他基因的联合。此外，MET扩增与ALK继发性突变是互斥的，只有MGH9226病例的情况例外。这例患者一线使用阿来替尼后血浆出现ALKI1171N突变（无MET扩增），随后二线使用Brigatinib缓解5.5个月，Brigatinib治疗后复发，组织活检显示ALKI1171N持续存在并获得MET扩增，提示MET驱动耐药的发生。

所有11例MET扩增患者均为第二或第三代ALK-TKI复发患者。使用第二代ALK-TKI的52个活检中发现6个（12%）为MET扩增，使用Lorlatinib的23个活检中发现5个（22%）为MET扩增。克唑替尼复发患者中未检测到MET扩增。此外，11例MET扩增患者中有6例（55%）从未使用过克唑替尼。

图2. 耐药标本中的MET异常

图3. 根据既往接受ALK-TKI治疗的MET扩增频率

为了确定MET扩增的发生是否受既往克唑替尼治疗影响，研究根据既往接受TKI治疗评估了MET扩增的频率，发现与仅接受下一代TKI治疗的患者相比，既往接受克唑替尼治疗再进行下一代TKI治疗的患者发生MET扩增的可能性显著降低（9% vs 33%，P=0.019）。既往使用克唑替尼（一种已证明具有MET活性的ALK-TKI）可能抑制了这些患者中MET扩增克隆的出现。

2. 血浆标本中的MET拷贝数

使用Guardant360检测下一代ALK-TKI复发的106个血浆标本中的MET拷贝数。8个（7.5%）血浆标本检测到MET拷贝数增加，其中1个为7号染色体多倍体。在23例同时拥有血浆和组织标本的患者中，有4例在血浆和组织中均检测到MET扩增。一名患者，MGH960，在血浆中具有低水平MET扩增（拷贝数2.2），在组织活检中未检测到。因此，当使用组织活检作为MET扩增检测的参考时，血浆活检显示出100%的敏感性，95%的特异性和80%的阳性预测价值。

MET扩增的7个标本中有4个在血浆中同时存在ALK突变和MET扩增，包括上述的MGH9226。除了MGH9226的ALKI1171N突变，其余3个血浆标本包含ALKL1196M突变。ALKL1196M突变可引起克唑替尼耐药，但对下一代ALK-TKI敏感。事实上，所有3例患者均在使用下一代ALK-TKI之前接受了克唑替尼治疗，并且可能在克唑替尼治疗后出现了该继发突变。下一代ALK-TKI对ALKL1196M的已知活性表明，更可能是MET扩增而非ALK突变介导了耐药。除了MET扩增（拷贝数6.1），MGH9224的血浆活检显示KRAS扩增（拷贝数2.6）和PIK3CA E545K突变（等位基因频率0.04%）也可能对耐药产生作用。

3. 其他MET异常

为了检测MET突变，回顾了经MGH SNaPsho NGS检测（n=43）、FoundationOne检测（n=30）或Guardant360检测（n=106）的179个组织和血浆标本。1例接受阿来替尼序贯Brigatinib治疗复发的患者的血浆活检显示MET 14号外显子跳跃突变而无MET扩增。另2个血浆标本显示MET D1101H和G500C突变，这两种突变意义尚未明确。在任何组织标本中均为检测到MET突变。

73个组织标本中的2个（3%），MGH9284和MGH915检测到MET 2-21号外显子与ST7（suppressor of tumorigenicity 7）1号外显子融合重排，二者均紧靠7号染色体。这两个突变均由基于RNA的NGS检出。

图4. MGH915的胸水标本经RT-PCR检测显示ST7 1号外显子与MET 2号外显子融合

总结

通过迄今为止对ALK阳性NSCLC中MET异常的最全面的分析，本研究证明了MET是导致下一代ALK-TKI耐药的重要旁路机制。在前线使用下一代ALK-TKI的患者中，有1/3的患者检测到MET扩增。下篇将继续带来ALK抑制剂在MET异常的细胞系中的敏感性，以及ALK/MET抑制剂在ALK阳性细胞系和2例MET驱动的耐药患者中的抗肿瘤疗效等相关内容，敬请期待。

参考文献

1. Dagogo-Jack I, Yoda S, Lennerz JK, et al. MET Alterations Are a Recurring and Actionable Resistance Mechanism in ALK-Positive Lung Cancer. Clin Cancer Res. 2020 Jun 1;26(11):2535-2545.

审批编号：CN-71814

有效期至：2021-4-12

责任编辑：肿瘤资讯-MJ
排版编辑：肿瘤资讯-Shelley

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