元代是历史上中国版图规模最大的一个朝代，佛教也借助蒙古铁骑的四处出击，乘机大大扩张了势力范围，这其中，尤以忽必烈首创帝师制度，并让帝师统领天下宗教事务，让来自于藏传佛教的帝师拥有了极大的权力。
帝师制度是元代佛教的一大特色，在元朝之前的朝代，并没有帝师的称号，仅在西夏佛教文献中有过帝师的称号，但其职责不详。元朝灭亡，帝师制度也随即终止。
元代的第一位帝师，是忽必烈的帝师八思巴，说起这位八思巴，在藏传佛教中可是一位大大有名的人物。
八思巴（1235年—1280年），藏传佛教萨迦派首领，“八思巴”在藏语中是“圣童”的意思，由于他7岁时就能熟读佛经，藏民们感到奇异，纷纷称其为“八思巴”。
1251年11月，萨迦派首领萨班在凉州幻化寺圆寂，年仅16岁的八思巴成为萨迦派新的教主。
1253年夏，当时还是总领漠南汉地事务的忽必烈受其兄长蒙哥大汗的指派，集结重兵于六盘山，准备经吐蕃南下进攻大理国。
18岁的八思巴以教主的身份第一次见到了忽必烈，忽必烈对八思巴佩服有加，请求八思巴为自己传授《喜金刚》大灌顶（藏传佛教重要仪轨之一），并拜八思巴为上师，从此，八思巴开始跟随忽必烈。
自从东汉年间佛教进入中原以来，我国本土宗教道教也随即诞生，为了对抗这种来自异域的文化，道教根据东汉以来流传的“老子化胡”传说，作《老子化胡经》，说的是老子西出阳关，经西域至天竺，化身为佛，教化胡人，因此产生佛教，借此宣扬道是老师、佛是徒弟。
对于道教的这种说法，佛教奋起反击，佛、道两教争辩遂起，绵延时间竟达千年之久。
1258年，忽必烈召集佛道两教高士，在开平府（元上都，今内蒙古锡林郭勒盟正蓝旗东）大安阁举行一场规模空前的佛、道两教的大辩论，佛、道两教各派十七人参加辩论，辩论会上，主要辩论的就是《老子化胡经》的真伪。
23岁的八思巴作为佛教的首席代表，与众道士进行了一番精彩的辩论，最终迫使“道者辞屈”，尚书姚枢作为总裁判宣布：“道者负矣！”
八思巴不仅判定《老子化胡经》等经书为伪经，还迫使这十七位道士服输并削发为僧，一些道观也改为佛寺，大量的伪经也被全部焚毁，宋代以来道教的优势地位大大减弱。
八思巴那丰富的佛学知识和敏捷的才思给忽必烈留下了深刻的印象。
1260年，忽必烈在与阿里不哥的交战取得胜利后，返回燕京（今北京），正式称帝，建立元朝，同时封年仅25岁的八思巴为“帝师”，授玉印，让八思巴统管蒙藏地区的佛教事务，八思巴由此拥有了全国佛教领袖的地位。
1264年，忽必烈又设立了全国宗教管理机构——总制院，年仅29岁的八思巴以帝师的身份兼领总制院事。
八思巴之后，元朝还任命了十一位帝师，他们都出自藏传佛教萨迦派。
在元朝之前，藏传佛教内部存在萨迦派、噶举派、噶当派、宁玛派、格鲁派等多种教派，各教派之间互相攻击，并无公认的佛教领袖。
由于萨迦派得到了中原王朝的支持，公元十三、四世纪，萨迦派一跃而居各教派之上，成为西藏地区政教合一的统治者。
元朝政府任命的帝师既是全国最高的宗教领袖，又是西藏地区的军政首领，统管一切事务，可见帝师制度已经完全超出了宗教范围，成为中原王朝治理西藏的有效政治手段。
帝师制度也成为中原的中央政府与远在西陲的西藏联结的桥梁，促进了蒙、藏、汉民族文化的融合，有利于形成中华民族共同的文化心理。
元朝历代帝王也都有帝师，帝师成了元朝统治者精神上的支柱，每位帝王都要先从帝师受戒，然后才能即位，而帝师也要把佛祖的“护佑”加持给皇室，以给其赐福免灾。
元代帝王崇佛的活动主要是造佛寺、印佛经、修功德，还经常赐给寺院田产，数目多的非常惊人。据不完全统计，从元世祖忽必烈开始，在不到一百年的时间里，元朝政府总共赐给寺院田产三千二百多万亩。
需要说明的是，元朝政府虽然把藏传佛教立为国教，但同时对中原的汉化佛教也不排斥，汉化佛教在元代也得到了充分的发展。
与佛教在元朝得到大发展相比，道教在经过隋唐、两宋时期的兴盛发展后，在此时显得较为沉沦，已经无法再与佛教一争高下了。
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