华佗是被曹操杀死的，演义和史书都是一致的，不同之处是死亡的因由和年份。
在演义中，东吴为了转移斩杀关羽的风险，将关羽的人头送到了洛阳，（关公睁眼）曹操受到了惊吓，再加上一些匪夷所思的事件（建造宫殿砍伐大树，大树流血的诡异事件），让曹操旧病复发，这时有人给曹操推荐了神医华佗。
华佗给曹操的治疗方案太过惊世骇俗。
佗曰：“大王头脑疼痛，因患风而起。病根在脑袋中，风涎不能出，枉服汤药，不可治疗。某有一法：先饮麻沸汤，然后用利斧砍开脑袋，取出风涎，方可除根。”
曹操的性格本就多疑，衣带诏御医吉平药内投毒的前车之鉴这让他严重怀疑华佗是不是借治之名行行刺之实。
因此将华佗下狱，最后受到拷打的华佗死在狱中。不久曹操也死于头风病。
按照时间推算，华佗和曹操应该死于同一年，是公元220年。
史书和演义有些出入。史书《三国志》魏书方技传第一个大章节说得就是华佗的传记。
史书记载曹操因处理国家大事，得了重病让华佗诊治，华佗告诉曹操，说你这个病，短时间治不好，得长期医治才可以延寿。曹操见他的治疗效果也还不错，就想把华佗留在身边。
但华佗不愿意长期侍奉曹操，就以妻子生病为由离开了曹操。曹操见华佗走了很久一直不回来，先后写过几封信，又派官吏几次催促。
华佗觉得自己有专长，不愿意受别人役使。曹操虽然多次催促，华佗却不愿意回到曹操身边。
于是曹操就让人去华佗家探视，看看华佗的妻子是不是生病了，如果真是生了病，就给他送四十斛小豆以示慰问，如果不是就把他抓回来。
由于是搞的突然袭击，华佗没有准备，探视华佗的人发现华佗的妻子根本没病，就按照曹操的命令将华佗抓了回去，华佗在狱中受到拷打，最后死于狱中。
当时荀彧给华佗求过情，认为这样有技术性的人才，应该尽量的给予宽恕。曹操却认为华佗这是不好好给他治，借有技术拿捏人。华佗没有得到曹操的赦免死在了狱中。后来曹操的爱子曹冲得了重病，没人能医，曹操这才后悔杀了华佗。
也就是说演义中华佗用斧子劈脑袋的医疗方案极大可能是杜撰的。
另外按照史书记载曹冲是死于公元208年，也就是说华佗死亡年份要早于公元208年，而演义中关羽接受华佗的刮骨疗毒是在公元219年。
这究竟是怎么回事呢？关羽刮骨疗毒的事也是假的吗？
非也！关羽刮骨疗毒确有其事，在《三国志》关羽传中有记载：
羽尝为流矢所中，贯其左臂。医曰：“矢镞有毒，毒入于骨，当破臂作创，刮骨去毒，然后此患乃除耳。”羽便伸臂令医劈之。时羽适请诸将饮食相对，臂血流离，盈于盘器，而羽割炙引酒，言笑自若。
也就是说关羽刮骨疗毒这个事确实是真的，但治疗的医生不是华佗罢了。
由于华佗神医之名太盛，“刮骨疗毒”也算惊世骇俗，罗贯中来了一个“移花接木”让华佗医治更具看点，这种手法在演义中也有多处，比如说“关羽温酒斩华雄”、“草船借箭”、“空城计”等等。
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