公元1853年，百万太平军自武昌顺流而下，直取满清的江宁府。而江宁，在清朝时仍被百姓按照明朝旧俗，称为南京。
在攻打南京前，太平军先攻克了九江，接着攻克彭泽、小孤山。太平军杀死安徽巡抚蒋文庆，在安庆缴获大量饷银、米粮，还有铜炮数百门，火药炮子无数。太平军在安庆疯狂扩军，总人数发展到七十万余万，能战斗的士兵有十几万。
当年2月，太平军乘坐舰船万艘，“蔽江而来”。由于太平军人多势众，轻而易举地将南京城围得水泄不通。要知道，南京城墙长达62里，与今天北京二环线相同。
之后，太平军对南京的城墙，发动了潮水一般的攻势。由于南京城高地深，不宜直接攻打。因此太平军使出了他们惯用的“掘地法”，也就是挖掘地道，直到城根，然后用巨量的炸药摧毁城墙。
对于太平军的掘地法，清军手足无措，根本无法应对。在仪凤门，太平军一面攻城，一面挖掘地道。不久后，太平军“土营”官兵便摸到南京城墙下。只听一声巨响，狮山正面的城墙，被炸出宽约两丈余的缺口。守城清军见势不妙，只恨爹妈没给自己多生两条腿，没命地逃跑。就这样，南京外城便被攻破了。
然而南京外城被攻陷，不等于全城被攻破。在南京城中，还有一座满城。所谓满城，即八旗军驻地。满清开国以来，历代皇帝为了防备汉人造反，便在中国各要害之处布下八旗驻防兵。南京被攻破后，部分八旗军便与他们的家属入居于明朝的旧皇城。而旧皇城，也被称为南京满城。
早在入城前，杨秀清就说：“满人皆妖，格杀勿论，妇孺不留。”《奉天讨护檄》中，杨秀清也公开声称“誓屠八旗，以安九有”。
因此太平军围攻满城，根本不会接受城内旗人的投降，而是要将他们全部杀尽。满城八旗见自己已无退路，于是决定据城防守，背城一战。
在太平军攻击满城的时候，旗人们全部都斗志高昂，老人孩子皆出来叫阵助威，旗人就连女子都拿起武器到城墙上与太平军进行战斗，战斗的激烈程度一度进入了白热化。杨秀清连续发动三次强攻，都被勇猛无比的旗人所打败，几仗下来，太平军阵亡数千人，尸体堆积如山。
就这样，太平军轮番上阵与旗人进行搏杀，旗人越战越少，最终力不能敌了，清军主帅祥厚眼看大势已去，随即自刎而亡，就这样，太平天国在付出数万人的惨痛代价后，终于全面占领南京。
太平军占领南京后将还未被杀的数千名八旗妇孺驱赶到朝阳门外，堆积大量柴薪，将她们全部烧杀。其后，太平军又挨家挨户“搜妖”，而所谓“妖”就是官兵和满人。
在这场战争之中，旗人的表现非常的亮眼，他们几乎战至最后一丝力气，个人认为这主要是因为太平天国与清朝之间存在着意识形势上的本质不同，太平天国所打出的旗就是“消灭清妖”，对于旗人又怎么可能会有任何仁慈的一面呢？也正是因为太平天国的这个特点，所以旗人们才在明知会城破的前提之下，仍然拼尽全力地与之战斗，不可谓不悲壮。
而占领了南京城之后的太平天国，也达到了其势力的最顶峰，接下来就是天王和各王开始入驻，将南京改名为天京，作为太平天国的都城，而清朝在失去了南京之后，开始调集更多的力量与太平天国作战，清朝在扬州建立了江北大营，在南京城东孝陵卫一带建立江南大营，这两座大营一直一左一右的严重威胁着太平天国都城的安危。
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