无论是曹魏的官制，还是蜀汉的官制，都基本脱胎于东汉的官制，魏蜀都自称自己是东汉的继承者。而东吴的官制和魏蜀皆有不同，魏国实行的是群体决策制，一个皇帝加一群重臣；蜀汉实行的是相臣决策制，首席执行官包揽朝政；东吴则是双头鹰的权力格局，孙氏主扬州（交州），陆氏主荆州。扬州（交州）和荆州名义都是孙权的地盘，但荆州实际上是陆逊的私有领地，荆州大小事务都是陆逊说了算。孙权也不敢和陆逊硬顶，他知道，没有陆逊就没有荆州的安全。用现在的话说，荆州是东吴的自治区。在东吴的行政编制上，实行的是强君弱相制度，东吴虽然设有丞相，但丞相一般只负责日常政务，东吴真正的掌柜还是孙权本人。无论是孙邵还是顾雍，他们都不具备诸葛亮那样的权力。如果说诸葛亮是蜀汉首席执行官，那顾雍等人只是孙权聘用的经理，凡事要听老板的。
东吴也有三公，但东吴三公时有时无，而且东吴三公多是荣誉性职务，没有实权，比如孙皓时期的太尉范慎、司徒丁固、司空孟仁。倒是太傅诸葛恪手抓东吴军政大权，不过诸葛恪真正的身份是大将军，身兼太傅而已。从整个东吴行政编制来看，东吴丞相是没有什么实权的，倒是东吴的武官系统，则基本上可以视作真宰相。且不说坐镇荆州的上大将军陆逊是东吴的二号位，再看看其他武官，比如继任的上大将军吕岱，大将军诸葛瑾、左大司马朱然、右大司马全琮，这些人才是东吴权力层的核心人物，丞相倒成了花瓶。
东吴的尚书台建设是三国中最不完善的，尚书台的最高长官是尚书令，可东吴的尚书令居然是由九卿之一的太常兼任的。东吴的尚书台只有四个分曹：选曹、户曹、左曹、贼曹，下面的尚书郎设置不详。不但尚书台有名无实，就是百官象征的九卿，东吴也是丢三落四的。在孙权时代，九卿从来没有设齐过。东吴早期只有六卿，直到吴景帝孙休永安二年（公元259年）三月，才将九卿凑齐。
相比于尚书台，东吴的御史台比较完备，御史台的最高长官是御史大夫，下有御史中丞，刘璋的儿子刘阐就当过东吴的御史中丞。御史中丞以下还有御史中执法，专门负责京师的官场都察工作。东吴的御史监察部门还设有专门的对口监察职务，有专门监督军粮的御史，有专门监督农业生产的御史。在东吴的监察系统中，还有一个比较特别的监察职务，就是“察战”。察战相当于朝廷派到地方上监察日常政务的巡视员，同时肩负体访下情的任务，官员百姓，都在察战的监督范围之内。
东吴的地方行政编制比蜀汉略复杂一些，东吴有三个大州：扬州、荆州、交州，后从交州中析置出广州。东吴州的最高长官是州牧或刺史，但有一点奇怪的是，在东吴建立以后，在现有史料中很难发现有别驾、治中、主簿这样的高级辅官。
在郡一级的编制中，东吴还有一个特殊情况：不是所有的郡一级区划都称为“郡”。在扬州的区划编制中，曾经设立过“典农校尉”，典农校尉是郡级待遇，而且单独治理一个郡级区划，比如现在江苏的镇江、常州、无锡，当时就是东吴的毗陵典农校尉辖地。
东吴的县和郡一样，有些县不设县令或县长，而设部校尉，比如会稽郡的长山（今浙江金华）西部都尉、桂阳郡的始安（今广东韶关）南部都尉等，但数量不多。
怎么说呢，东吴的官制在当时的世界显得格格不入，可能是因为不像魏蜀为了宣传自己是继承汉室吧。
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