十六世纪，辽东女真部落在努尔哈赤的率领下逐步崛起，于万历四十四年，即公元1616年建立后金政权。为了能够南下逐鹿中原，努尔哈赤及其子皇太极不断以武力蚕食漠南蒙古，在征服蒙古末代大汗林丹汗，获得大元玉玺后，改国号为“大清”。
清军咄咄逼人的态势让漠北（喀尔喀）和漠西（卫拉特）蒙古摒弃前嫌，组成喀尔喀—卫拉特联盟。然而征服了漠南蒙古，已无后顾之忧的清军却急于入关，覆灭南明政权，无意继续扩大对蒙古的征服。
清朝的无暇北顾让喀尔喀和卫拉特诸部压力骤减，这种情况下，蒙古部族之间的矛盾与仇恨却又沉渣泛起。喀尔喀的土谢图汗与卫拉特的噶尔丹因为黄教派别问题势如水火，不过喀尔喀三部内讧严重，而准噶尔部的噶尔丹却在父亲和兄长的基础上，统一了卫拉特蒙古，建立了准噶尔汗国。
噶尔丹始终幻想着恢复成吉思汗的荣光，重新统一蒙古草原，于是趁喀尔喀内斗之时出兵东进。准噶尔汗国的扩张显然已经威胁到了清朝的统治，虽然清朝初期政权极不稳定，而彼时康熙已经平定三藩之乱、收复台湾，噶尔丹的出兵反倒是给了康熙收复喀尔喀的天赐良机。
康熙三次御驾亲征，乌兰布统之战后，喀尔喀三部宣誓效忠大清。昭莫多之战中清军全歼噶尔丹主力。此后康熙又乘胜追击，亲自指挥对准噶尔残部的追歼，迫使噶尔丹自尽，至此，清朝“全收北边喀尔喀”。
清朝虽起于辽东游牧民族，清军又以骑兵著称，但入关后为了更好地统治中原，清军中步兵、火器部队的比例越来越高，战争成本因此不断飙升。康熙亲征准噶尔取得的功绩是彪炳史册的，付出的代价也是空前巨大的。
雍正继位后，一方面与准噶尔的继承者，噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦和谈，加紧恢复国力；另一方面又在西北大举屯田，等待准噶尔再次内讧。果不其然雍正四年，策妄阿拉布坦去世，准噶尔王公再次爆发内斗。
雍正认为准噶尔政局不稳，是统一蒙古的大好时机，“乃于次年六月密筹进取方略”。雍正七年，清朝以准噶尔藏匿青海叛乱头子罗卜藏丹津为由，“授内大臣傅尔丹为靖边大将军由北路入，总督岳钟琪为宁远大将由西路入”。
准噶尔在肃州贸易的使者特磊发现了清军西路军出边，噶尔丹策零于是先发制人，偷袭了西路多个牧场和卡伦，致使雍正不得不暂缓用兵一年，命令两路大军以筑城的方式步步紧逼：
“朕思：于西路巴尔库尔，北路卡伦之外各筑一城，驻扎大兵，不时派讨伐之兵袭击，惊乱其众，贼必撤彼游牧，远退匿藏。我军再进数百里，更筑一城。照此一年后，复进数百里，再筑一城……不出三、四年，贼必不能逃过天纲矣。”
按照原计划，清军在三年内筑六座大城，在准噶尔腹地会师。然而由于误判准噶尔会主攻西路，雍正命令北路傅尔丹在第一城尚未竣工之时，立刻挑选精兵深入，占领额尔齐斯。
因为没有援军配合，又加之傅尔丹中了噶尔丹策零的诈降、诈败之计，领万余八旗精锐贸然进军，最终被准噶尔军队包围在山谷中，这就是著名的“和通泊之战”。
傅尔丹挑选的一万名八旗兵，主要以京师八旗、车骑营，右卫、盛京驻防的精锐，以及由2000黑龙江打牲人丁组成的火枪兵，堪称清军武力菁华。遗憾地是在雍正错误的战略部署和傅尔丹不当的临阵指挥之下，最终仅有2000多伤兵逃回科布多城，其余7000多人或战死、或失踪。
在将领方面，自傅尔丹以下，战死或自尽的副将多达18人之众，其中包括郑亲王济尔哈朗之后，辅国公巴赛，兵部尚书査纳弼、参赞大臣马尔萨（清朝开国五功臣费英东之后）、苏图、觉罗海兰，散轶大臣，超武公达福（鳌拜之孙），所以才有了和通泊之战后，京城旗人家家披麻戴孝之说。
军事上的损失固然惨重，但7000多人的伤亡并不能让和通泊之战成为清军十九世纪之前最大的败仗。清军惨败后士气大损，不敢与准噶尔接战，而噶尔丹策零却乘胜追击，导致喀尔喀部分王公、僧侣倒向准噶尔。
在喀尔喀各部的积极防御下，准噶尔最终还是退兵，但清军因主力尽失，不得不放弃科布多城，退至乌里雅苏台附近。这标志着康熙三十年心血毁于一旦，清军转入前所未有的守势，大清帝国开拓西北的进程至少推迟二十年。
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