1645年，即满清的顺治二年，清军攻破南京，弘光帝南逃。清廷下剃发令，嘉定百姓不从，城内两次起义和一次南明军攻城，均被清军镇压后屠城，执行者是明朝降将李成栋。起因：清朝的“剃发令”，“留头不留发，留发不留头”。汉族人不愿剃发，理由是“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也”。
嘉定一屠。7月1日，乡绅侯峒曾带领嘉定绅民起义反清，清吴淞总兵李成栋立即领兵五千来攻。由于“乡军”虽然十几万人，但都是平民百姓，无组织和战斗力，被李成栋的五千精兵打败。嘉定城破后，李成栋下令屠城，清军的屠杀遍及到挨家挨户，连乱草丛清军也不放过，必用长枪乱搅，发现人就杀。嘉定百姓上吊、投井、跳河的、血流满面的、断肢的、被砍伤但还没死的人到处都有，骨肉狼籍。妇女们惨遭强奸，如遇抵抗，军队就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。清军令市民上交财产，交的少的都被捅三刀。汉奸徐元吉趁机剖开许多人的肚子，吃人的心肝。大屠杀持续了一天，直到尸体堵塞了河流，大约有三万多人遇害。
嘉定二屠。7月24日，李成栋率军离开嘉定城后，侥幸逃脱的幸存者开始溜回城里，并在一个叫做朱瑛的义士领导下，重新集结起来，共两千多人。朱瑛领导着幸存者们在这座残破的城市展开了一场反屠杀运动，处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。李成栋又领军杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，城内积尸成山，只有三四个僧人将房子拆了，烧火来火化尸体。
嘉定三屠。南明的吴之番将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，南明军攻占嘉定，清兵大溃逃。李成栋于是带兵反扑，把吴之番数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成河。
以上所述的“嘉定三屠”在朱子素《嘉定屠城略》均有记载，三次共屠杀了50多万人。
屠杀的执行者是汉族人李成栋，官至明朝徐州总兵，后投降清。这个李成栋是个历史上非常有争议的一个人。李成栋早年参加农民起义，后随高杰降明，官至徐州总兵。1645年率部降清，和清军一起攻江南、福建、广东。李成栋又亲手剿灭了南明的隆武帝和绍武帝，但清廷仅授以提督，且受总督佟养甲节制，李成栋大为失望。刚好那时候遇到金声桓，王得仁在南昌起兵反清，于是李成栋起兵响应，迎永历帝于肇庆，出兵攻丰、南安、赣州。顺治六年(1649年)，清军进围信丰，战败溺死。李成栋的身份变化：起义军----明军-----清军-----明军。由于李成栋这个人多次易主，但又带兵有方，备受争议。
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