清军自巡抚以上，阵亡官吏高达十位，这里面既有地方统帅，也有骁勇善战的名将。单以总督论，就有四位。镇压太平天国战争中，清军内部死伤的总督官吏共有四位，他们分别是李星沅、陆建瀛、何桂清和吴文镕，其中，李星沅、陆建瀛和何桂清曾担任过两江总督，吴文镕为湖广总督。
两江总督陆建瀛是第一位战死的清朝总督级官吏，李星沅奔赴两广的时候，陆建瀛就接替了他的职位。可惜的是，这位封疆大吏却没有李星沅那样幸运，南京一役中，清军大败，陆建瀛在逃亡途中为太平军追上，当场就被太平军砍死。
湖广总督吴文镕是湘军名将，他是曾国藩的恩师，一生效力于清室。吴文镕本来有大好的机会调回忠言，可惜的是，他偏偏赶上了太平天国起义。自太平军攻破天京后，吴文镕所镇守的武昌便成为了主要战场。太平军将武昌视为了西征的主要镇所，在这场生死之战中，清军打得也是非常顽强。可惜的是，吴文镕最终还是没能守住武昌，因为湖北巡抚崇纶的掣肘，清军遭到了大败，吴文镕不愿投降太平军，遂投水自杀。吴文镕是清军在镇压太平天国战争中唯一自杀的总督级官员，他的死，对清军内部震动很大。
两江总督何桂清是唯一一个临阵脱逃的总督级官吏，他自1857年担任两江总督，就一直与太平军作战。可惜的是，这位封疆大吏却并没有指挥作战的能力，在围攻太平军的战役中，何桂清在关键时候临阵脱逃，最终造成了清军江南大营为太平军攻破。常州、杭州的失陷，何桂清犯有不可饶恕的罪过。慈禧太后和恭亲王在洞察了他的罪名之后，遂将其逮捕处死。故而，何桂清也成为了清军镇压太平天国战役中唯一一个被自己人处死的总督级官吏。
总督之下，清军阵亡巡抚有六位，他们分别是湖北巡抚常大淳、罗尊殿、安徽巡抚江忠源、江苏巡抚吉尔杭阿、徐有壬和浙江巡抚王有龄。这六位巡抚官吏中，尤以安徽巡抚江忠源最为出名。
江忠源和曾国藩是湘军的创始人，此人在湘军兵勇刚刚组建的时候就与清军作战。在蓑衣渡战役中，江忠源指挥湘军一炮击杀了太平军的南王冯云山，因为蓑衣渡之战，江忠源后来也受到了咸丰皇帝的嘉奖。1854年，江忠源受命镇守庐州，当时，他正担任安徽巡抚。这一年，由杨秀清指挥的太平天国西征军包围庐州，江忠源在孤立无援下投水自杀。
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