1.阿笠博士
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。 事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。“阿笠博士” 其实有很多集都提示是一个不可思议的人 “劝你不要再查了，幕后黑手说不定是你意想不到的人，于是很多人怀疑是阿笠博士。
2.毛利小五郎
其中小兰的爸爸毛利小五郎大家应该也很熟悉,在很多案件中毛利小五郎都是在沉睡中度过的,没有过多的展示他的推理能力。是真的睡过去，还是假的？然而麻醉剂用多了，难道没有副作用。
3.工藤优作
工藤优作是工藤新一的爸爸，连新一的父亲工藤优作都被怀疑过失黑衣组织的幕后BOSS，说实话凭借着工藤优作的能力培养出一个这样的组织还是不难的，很有可能是优作和第一代怪盗基德两人在磨练自己的孩子，但是想多来说这种磨炼孩子的方式未免太残忍了吧。
4.乌丸莲耶
乌丸莲耶是曾经出现在前面剧集中的一位神秘人物，随着剧情的演变，乌丸莲耶的越来越多的资料被挖了出来，已经有人根据现有的资料分析过。四十年前乌丸莲耶就已经年过半百，那四十年之后他怎么也得将近百岁的年纪。如此年迈的一位老人家，怎么能够有足够的精力来统领庞大神秘的黑衣组织？
小伙伴，你们认为是谁呢？
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