武魂殿是斗罗大陆上媲美两大帝国的势力，而且拥有称霸大陆的野心，武魂殿表面上扮演正义之师，帮助人们觉醒武魂，收拢大陆众多魂师，维持两大帝国平衡，似乎都在行正义之事。但武魂殿也有许多做的不对的地方，比如说围猎魂兽，唐三与武魂殿结仇的根本原因，就是武魂殿逼迫他的母亲献祭，而唐三对抗武魂殿除了因为私仇，以下原因也导致了它的灭亡。
暗杀不归顺者
武魂殿在斗罗大陆上招揽拥有天赋的魂师，如要加入武魂殿，不仅有工资拿，还拥有了强大的靠山，似乎是很不错的选择。但是有些魂师，因为有各种不能加入武魂殿的理由，所以拒绝加入武魂殿，但武魂殿却采取了极端措施，不能为我所用之人不如灭掉，这就比较过分了。
派人渗透削弱两大帝国
武魂殿暗杀两大帝国天才魂师就是为了削弱两大帝国的潜力，不仅如此，他们还派人渗透两大帝国内部，想要从内部掏空两大帝国。千仞雪害死雪夜大帝的孩子，假扮雪清河，给雪夜大帝下毒，这是武魂殿对付天斗帝国的手段。
星罗帝国皇室难以撼动，但武魂殿肯定对其他星罗帝国势力进行了削弱，武魂殿想要统一斗罗大陆，这些都是不可避免的手段，但被武魂殿害死的人，他们的债始终要武魂殿来背负。
利用孤儿进行残酷选拔
武魂殿将大陆上的孤儿带回自己的地盘，然后进行残酷选拔挑选出资历出众的孩子培养，其中的残酷性想必胡列娜最清楚，虽然遵循了丛林法则，但是依然让人难以接受，搞得跟玄冥教似的。
高高在上欺凌弱小
武魂殿的人总是一副高高在上的样子，看不起其他人。武魂殿在各地都有分殿，可以帮助人们觉醒武魂，可有不少武魂殿的人觉得其他人能觉醒武魂，都是武魂殿的功劳，所以会利用武魂殿去欺压他人。武魂殿这样一个庞然大物，若没有严明的律法约束，肯定会滋生腐败，为祸他人。
围猎魂兽
千仞雪带着人追捕阿银，逼得她只有献祭，唐昊身受重伤，而比比东为了实行自己的计划，猎杀小舞的妈妈，还害死天青牛蟒和泰坦巨猿，这些都是无可争议的事实。或许那时的武魂殿并没有意识到魂兽与魂师之间有相互依存的关系。
后来魂灵和人造魂环的出现，减弱了人类与魂兽的矛盾关系，但现在的斗罗大陆却还没到那个时候。用对错来判断武魂殿围猎魂兽的行为可能不合适，但在尊重生命的大前提下，武魂殿就会被归属为反派，而且唐三是站在魂兽与人类共处的那一方的，两方必然会敌对。
灭掉蓝电霸王龙宗和发动战争
后来比比东派人灭掉蓝电霸王龙宗，重创七宝琉璃宗，向两大帝国发动战争，破坏大陆和平，走上了一条不归路，比比东最后被唐三打败，武魂殿走向消亡。
因为武魂殿的种种不义之举，最终导致了它的灭亡，斗罗大陆需要的不是武魂殿这种统治方式，所以武魂殿就没有了存在的必要。
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