诸子百家学说都是特定历史条件下的产物，时过境迁，当许多人站在自己所处的年代来审视先贤的思想的时候，会发现很多与当下很矛盾、很不合时宜的观点，这很正常，比如儒家的“刑不上大夫，礼不下庶人”“民可使由之，不可使知之”等，再比如法家的“族刑连坐”“轻罪重刑”等，都是那个时代的产物，不能否定它在当时的适应性，如果不能适应，根本就没法推广实施。
比如孔子的那些言论，他生活在等级制度森严的“封建制度”下，“封建”是以宗法制度为核心的分封制度，这就意味着在众多的儿子中间，只有嫡长子才能“世袭罔替”接替爵位，其他儿子只能做卿大夫，由于每一个“兄弟”又有许多儿子，因此，兄弟之间的贵贱越来越分明，“五世亲尽，别为公族”，到了五世的时候，一个老太爷名下的子孙们，沦为平民是很正常的事。
而孔子又是那个时代的“克己复礼”者，他以维护封建纲常为己任，因此他的政治主张虽然在当时不受待见，但在以后的中央集权制度下，他的思想成为两千多年的主流思想，这说明他的思想符合那个社会的需要。
而法家的思想之所以在当时能一度成为国家意志，是因为它迎合了诸侯争霸天下的时代需要，比如商鞅的奖励耕战，别管出身如何，哪怕他是公室子弟，若没有军功，也不能继承爵位。这就给更广大的下层百姓、甚至庶民、贱民打开了一条通往富贵的道路，因为每多杀一个敌人，爵位就会提升能一个级别，所以激发了参战立功的积极性，使秦国在很短的时间内强大起来。
但是随着汉朝大一统国家的建立，这种军功奖励制度越发显示出其残忍的一面，于是被废弃。
上述各例，都是因适合时宜又时过境迁造成的既成事实，十分正常。但是正如题主所言，还有被曲解的例子，曲解与不合时宜是两码事，曲解有故意歪曲的意思，这样的例子也与很多，但在诸子百家里，曲解最多的是道家的思想，比如把老子说成权诈、阴谋家、反动派、开历史倒车等等，是完全的歪曲。
现在简单列举几个例子。
说老子是权谋家。很多注家出于对老子思想的不屑或者不解，给老子挖坑，比如说老子的“无为而治”，很多人，比如宋代大儒朱熹等，就解读为：名为不为，实则什么都做了。不为只是手段，“为”才是目的。这是对老子思想的赤裸裸的歪曲和贬低。
“无为”是老子的核心思想，这种无为是顺任自然，不强作乱为的意思，纵观老子思想，他不断强调“生而不有，为而不恃，功成而不居”，这里的“生”“为”“功成”都是在“为”的前提下实现的，如果什么也不做，怎么可能说“生而不有，为而不恃，功成而不居”呢？
再比如老子说“将欲歙之，必固张之。将欲弱之，必固强之。将欲废之，必固兴之。将欲取之，必固与之”，通常被理解成“明修栈道暗度陈仓”的意思，意即表面上不动声色，实际上在暗地运作。其实，这句话是老子揭示事物发展变化的规律，即“物极必反”的自然道理，意在说明任何事物都有向它的对立面转换的可能，当它发展到某一个极限时，就会向相反的方向运转，它强调的是强盛是衰弱的一种征兆。这里面并没有权诈的思想。只是出于不同角度，给出了“狡诈权谋家”的解读。
更残酷的是，直接把老子的思想说成“愚民政策”，其依据是“古之善为道者，非以明民，将以愚之”。本意是君主不要耍小聪明，带坏社会风气，应该“为天下式”，为百姓带个好头。
对这样的句子的理解，大凡认真一点就能看出老子的真意，是要人们返璞归真，而不要机巧智诈，因为老子在《道德经》出现的最高境界是婴儿、赤子：“能婴儿乎”“复归于婴儿”“含德之厚，比于赤子”，既然婴儿是德的至高境界，他怎么可能会愚民呢？
“我愚人之心也哉”，是圣人修养的理想境界。因为机巧之心，让整个社会陷入人心多疑、社会混乱的地步，所以他主张返璞归真，寻求心灵的宁静，遏制机诈之风的蔓延。
类似歪曲还有很多。这是不正常的学风，不仅错在一些名流的故意，也错在望文生义的跟风。所以，我么阅读经典，一定要有更多的参照，回到经典产生的年代，回到经典的主题思想，而不能人云己云，断章取义。
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