顺治帝与生母孝庄之间的感情纠葛，是清初时期政治风向标的一个具体反映。在多尔衮执政的时代，孝庄为了儿子皇位的稳固不惜曲意逢迎，在对付多尔衮的这一原则问题上，母子之间配合默契。但多尔衮去世后，他们渐渐发生了分歧，这里面不仅仅是顺治帝的逆反性格在作祟，背后还有更深层次的原因。
顺治帝冲龄即位，幼年遭受的挫折影响他一生的行事作风。因此，他对满洲大臣经常表现出对皇权的不够尊崇极为不满，而即便是在皇帝亲掌的两黄旗内部，也有像谭泰这样的功臣在多尔衮死后继续表现出专横的态度。
相比较而言，汉族大臣就做得非常好，他们谦卑的态度令刚刚取得大权的顺治帝很受用。这也是顺治帝亲近汉官的主要原因。不过对于刚刚入主中原不久的满洲贵族来说，皇上的这种做法被认为是“沾染汉俗”，以孝庄为首的保守派势力对此很不满。
更为重要的是，当年誓死拥护顺治帝即位的两黄旗大臣索尼、鳌拜等人，也都加入了孝庄的阵营，这给亲政不久的顺治帝带来了不小的压力。
顺治九年，西藏的达赖五世朝见顺治帝，他请求皇上能够出城相迎，这一建议很快得到了孝庄及满洲贵族的赞同。然而，以洪承畴等为首的汉臣却认为，此举无疑是“太白星与日月争光”，是在挑战至高无上的皇权。他们建议顺治帝不要出城相迎。
显然，对于顺治来说，汉大臣的建议是维护皇权的尊严，而满洲大臣似乎是在践踏皇权。所以，他断然拒绝了满洲大臣的建议，不去迎接达赖。在“天下共主”的意识尚未形成的时期，加上满洲贵族向来有亲满蒙、远汉人的民族歧视，孝庄及满洲贵族的做法在顺治帝看来是落伍的。
孝庄出身蒙古贵族，自皇太极时期就很重视娘家。及至顺治大婚，她又将自己的侄女博尔济吉特氏选为皇后。政治婚姻本来也不足为奇，可在顺治帝看来，母后这是在干涉皇权，这让顺治帝逐渐产生了逆反心理，一发不可收拾。
顺治十年，顺治帝不顾孝庄的脸面，下旨废除了皇后博尔济吉特氏，将她赶回了蒙古老家。孝庄不肯让步，不久又选了另外一位侄女博尔济吉特氏为后。据此，顺治帝认定太后和两黄旗大臣准备染指他的最高权力，分享清洗多尔衮后的胜利果实。
为了打破这种受制于人的局面，顺治帝进一步抬高董鄂氏在后宫的地位，孝庄对顺治的离经叛道尤其不满，可也不好做出激化矛盾的举措。所以孝庄退后一步，准备将孔有德的女儿孔四贞作为诱饵吸引顺治。孔四贞是典型的汉族女子，孝庄不惜违背“汉女不许入宫”的祖制，这已经说明了母子之间的感情已经十分脆弱。
不过，顺治帝并不买账，他坚持册封董鄂氏为贵妃，他把这件事看成是他对皇权威严的落实。册封董鄂氏不久，次年顺治帝又将董鄂氏刚刚出生的皇子称为“朕第一子”，实际上这个时候的顺治帝已经有了三位皇子，董鄂氏之子排行老四。
顺治帝称皇四子为“第一子”其喻意很明确，就是将来要立他为皇太子，董鄂氏也因母以子贵，将来也必定位列中宫。换句话说，孝庄亲自选定的第二位皇后，或许也将步首任皇后的后尘，面临被废的境地。顺治十五年正月，顺治帝停止了皇后在中宫的一切特权，这已经显示出废后的先兆。
但计划跟不上变化，皇四子在当年正月下旬夭折，董鄂氏受到丧子之痛，也于顺治十七年八月病故了。这一突如其来的变故让顺治帝措手不及，他将所有的怒火宣泄在孝庄及两黄旗大臣的身上，并下旨追封董鄂氏为皇后。
顺治帝把董鄂氏的死与皇权遭受侵害联系起来，他虽然不敢拿孝庄开刀，却利用一些礼节上的小过失对孝庄的直系亲属进行了严厉的打击。孝庄的亲兄弟蒙古亲王吴克善、郡王满珠习礼因迟到觐见皇帝，被指责蔑视朕躬，遭到严厉的训斥和惩罚。
不仅如此，孝庄的亲信大臣如图海、额尔克代青等人也被顺治帝大加挞伐，图海一度被抄家，还差点丢了性命。索尼、鳌拜等人也因故被顺治帝冷落，搞得人人自危。
在母子之间的冲突过程中，孝庄始终采取的是忍让的态度，这与她历经三朝有着丰富的政治经验有关，不过她更担心年轻的顺治帝会采取更加极端的做法，破坏来之不易的和平大局。尽管表面来看，顺治维护皇权是胜利了，但遗憾的是，他终究敌不过让满人谈虎色变的天花，顺治十八年，年仅24岁的顺治帝撒手西归，大清朝再次迎来了孝庄的时代。
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