在道教的神仙谱系中，玉皇大帝作为“四御”之首，位列“三清”尊神之后，似乎其地位低于元始天尊、灵宝天尊和太上老君，不算显赫。
这种排法始于南朝梁高道陶弘景的《真灵位业图》。他模仿世俗的朝班品序，将五百多位天神、地祇、仙真、人鬼，分七个阶次排列，形成了一个初具格局的神仙谱系。
其中，第一中位以玉清元始天尊为主神，在其下列“玉皇道君”，居右位第十一，又列“高上玉帝”，居右位第十九，位次都不高。
这种排法不仅与民间的神仙观念不相符，而且与占统治地位的儒家的天帝观也发生矛盾。于是，道教乃极大地提高了玉皇大帝的地位，有的道书干脆将玉皇、玉帝视为道教最高神元始天尊的别号。
也有的道书将玉皇尊为“三代（世）天尊”之一，如素有小道藏之称的《云笈七签》云：“三代天尊者，过去元始天尊，见（现）在太上玉皇天尊，未来金阙玉晨天尊。”
不过，在《上清灵宝大法》等道书中，作为“四御”之首的玉皇大帝仍然排在了三清之下。在道教实际举行的不少斋醮仪式中，玉皇大帝的神位也列于三清之后。这就给世人造成了一个印象，即至高无上的天界大神玉皇大帝，在道教神谱中被贬低了。
因此，道教时常招致教外人士的责难。比如，儒学大师朱熹就批评说：“道家之徒……尊老子为三清，而昊天上帝反坐其下，悖戾僭逆，莫此为甚。”认为道教将玉帝排在三清之下，是一种大逆不道的行为！
对于这些责难，道教则有一套自己的说法。如《高上玉皇本行集经注》就专门以“玉帝尊次考”为题，对此进行了解释：“玉帝，在道教即三清之化，道家先三清者，先虚无而后妙有，所谓无极而太极，非有尊卑之殊。”
也就是说，按照道教“一气化三清”的理论，玉帝乃三清祖气所化，并不存在尊卑之分。之所以三清排在前面，是因为“先虚无而后妙有”，“无极而太极”。
同样, 对于具体的斋醮仪式中，三清尊神与玉皇等神的座次排列, 也不存在尊卑之分。道书《灵宝领教济度金书》指出：
“醮坛即醮筵也。中间高设三清座，前留数尺许，通人行。又设七御座（首席为玉皇），每位高牌曲几，香花灯烛供养如法。盖玉清为教门之尊，昊天为三界之尊，各居一列，各全其尊。”
这其实有点类似政教之分，就教门而言，以玉清元始天尊为尊；就三界而言，则以玉皇大帝为尊。祂们各为首席，因此不存在谁尊谁卑的说法。
现实中，实际情况也基本与此相符。道门中人都是以三清为尊；而世俗中人则大都以玉帝为总管三界十方的至尊天神。
最后再补充一点，关于“四御”，又有多种说法。有的说法中，玉皇大帝不在“四御”之列，“四御”乃是道教天神中辅佐玉皇大帝的四位尊神！
／完.
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