首先要说的是，明清两代都没有六扇门这个这机构，而我们从小说和影视剧里看到的所谓六扇门都是虚构的，这个衙门权柄极大，不仅可以先斩后奏缉拿比自己地位很高的官员，而且深受皇帝的信任，六扇门从抓捕，审案，判案，到行刑是“一条龙服务”。而现实中这样的机构根本不就不可能存在、出于回避，利益平衡也不现实。
实际上影视剧中的六扇门，实际上就是明朝所有司法机构总称，包含了刑部（司法部），大理寺（最高法院），都察院（纪委），锦衣卫（特务机构）的统称，这就是明朝最高司法机构三法司（不包括锦衣卫）。中国最高封建社会和西方同时代司法最大不同在于，中国封建时代行政司法不分。没有司法独立的意识的概念，都察院虽然属于独立机构，但只对中央级官员，更多地被“利用”而非独立运作。而明朝的司法机构会为什么被“六扇门”？一是为了显示司法部门的威仪和尊严。这个外号也有调侃的意思，好比香港把警察叫“条子”是一个意思。
衙门就是现在来说就是政府机构，以门为名，门户的意义无疑是极为重大的。封建时代的衙门有着严格的规定，任何僭越都是不可以的，具体来说，六扇门是指是中轴线上的大门、仪门、宅门，每门各安两扇黑漆门扇，合计六扇，所谓“衙门六扇开”就这么叫开了，很形象很好记。也是衙门口朝南开，有理没钱别进来也是这个起因。六扇门这个称呼也就成为代称了。
早在战国时代的法律著作《商君书·定分》中，记载：“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。可见在很早的时候，君主就意识到“司法”的重要重要性，秦汉三公就包括了司法官员，刑部是中国古代“三省六部”制中的司法部门，主管刑罚，但其在每个不同的朝代中职责范围差别很大、明代，以刑部、都察院、大理寺组成的三法司，一切以刑部为主的审案流程，刑部代替了大理寺的工作，刑部成为实际上的最高法院，检察院，公安部结合体，彻底掌控的律法制度。大理寺和都察院成为监督办案的机构，不在具有独立办案的权利和职责，这无疑是封建时代司法进程的一个退步。
在明朝六部中，设刑部尚书一人，正三品；侍郎一人，正四品下。掌律令、刑法、徒隶、按覆谳禁之政。其属有四：刑部、都官、比部、司门。除此之外，刑部还有着“凡军民、官吏及宗室、勋戚丽于法者，诘其辞，察其情伪，傅律例而比议其罪之轻重以请。诏狱必据爰书，不得逢迎上意。”的职责，都察院级别与则是与刑部处于平级的关系，设有正二品左、右都御史各一人、正三品左右副都御史各一人、正四品左右佥都御史各一人，左都御史是都察院的最高长官。都察院除了主持都察院事务，提督十三道监察御史（即分布于两京一十三省）外，主要职责就是作为“专纠劾百司，辨明冤枉，提督各道及一应不公不情等事”，为“天下耳目风纪词”的调查报告机构存在。都察院有一个特别“保护伞”可就是弹劾官员不实不受处罚，即便谁都知道是诬告也是一样，这也造成了明代言官多混蛋的原因。
三法司的分立，除了可以对刑罚审判机关起到监督的作用之外，“大事奏裁、小事立断”的权利，保障了一定的效率。而三法司之间虽有一定的职权分离、相互牵制好平衡的特点，三法司联合会审是最高司法审判，在《明会典》中记载：“凡发审罪囚，有事情重大、执词称冤、不肯服辩者，具由大理寺奏请，会同刑部、都察院或锦衣卫堂上官，於京畿道问理。”从而达到“权臣不得以恩怨为出入，天子不得以喜怒为重轻”的目的，在封建时代，为防止冤假错案的产生，皇帝在形式上做了很多措施。
锦衣卫。这个让大明朝所有的官员为之胆寒的机构。实际上不是执法机构。而是特务机构，而明朝最让人诟病的地方就包括特务机构。在洪武十五年，正式成立锦衣卫，品级为正三品，成立独立官署，锦衣卫成为皇帝的亲军。锦衣卫，全称锦衣亲军都指挥使司，都指挥使司是明朝军事上的一级机构，与行政上的承宣布政使司、司法上的提刑按察使司同级。但锦衣卫只有审理的权力，但判决还归三法司。后来锦衣卫僭越另当别论。
总之，明朝和司法制度并不完善，更多的是君王个人意志的体现。至于影视剧和小说，我们看看就好。也没人当真。最后说一遍，六扇门不存在。
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