“移宫”一案是紧接着红丸案发生的。光宗死后，其宠妃李选侍与心腹李进忠（即魏忠贤）便将年幼的皇长子朱由校藏匿起来，企图控制新天子以便垂帘听政。（这个李选侍原本是郑贵妃送给光宗的一个美女，后因得宠而被立为妃子。）
大臣们将皇长子朱由校拥至文华殿，先立为太子，接受大臣的朝贺，紧接着又将他移往慈庆官，这才摆脱了李选侍的控制。但李选侍仍然住在乾清宫，拒不搬出。按明制，"内廷有乾清，犹外廷有皇极殿，惟天子御天得居之，惟皇后配天得共居之，其它妃嫔虽以次进御，不得恒居，（《明史·左光斗传》）新天子不能入居乾清官，这在封建王朝实在是件不可容忍的大事，加之新天子登基日期迫近，群臣都很着急，于是纷纷上疏要求李选侍迁出，左光斗在奏章中甚至用武则天来暗示李选侍。
李选侍迫于众议，最后不得不移居哕鸾官（宫妃养老的地方），太子这才得以迁入乾清官登基，是为明熹宗。这就是明末宫廷中的最后一案移官案。移官一案，在李选侍迁出乾清官后本来就可以了结。不想李选侍的一些内侍李进忠、刘朝等乘机盗取宫内金宝，通过乾清门时摔了一跤，金宝撒了一地。明熹宗十分生气，立即传谕将这些人交法司严办。宦官们十分害怕，就散播流言蜚语，说当今皇帝薄待先朝妃嫔，以致李选侍在移官之日光着脚要投井自尽。御史贾继春也投书内阁，指责阁臣在新帝即位伊始，便逆忤先皇，逼逐庶母。明熹宗大怒，将贾继春罢了官。宦官们不甘心自己的失败，上疏辩冤，结果，贾继春又被起用。
此案发生在明末派系斗争进入到最激烈的阶段，因此此案中的诸多疑点，便成为东林党与反东林党人互相攻击的口实。双方围绕着此案展开了一场你死我活的大搏斗。
东林党的主要人物有顾完成、高攀龙等。顾宪成原是吏部郎中，万历三十三年（1605年）被革职，回到家乡，与志同道合的高攀龙等人聚徒讲学，“讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物。”（《明史·顾宪成传》）天下清流之士都与之相呼应。由于讲学之地原为宋代杨时讲学的东林书院，当权的大地主集团及其党羽就称他们为东林党。当时反对郑贵妃、郑国泰，主张查清幕后主使人的都是东林党人。
万历末年，东林党人已经全被齐、楚、浙三党从朝廷排挤出继位之后，叶向高入阁，又重新起用东林党人，并在朝廷中尽斥原先攻击东林党之人。但是明熹宗即位不久，魏忠贤与熹宗乳母客氏相勾结，当上司礼监秉笔太监，把持朝政，权势灸手可热。东林党的反对派都投靠了魏忠贤。魏忠贤曾在移官案中受到处罚，他们便结成阉党，借此打击东林党人。
王之案、杨涟、左光斗等在此案中起过重要作用的东林党人，都被害死。凡在东林党人执政时所排斥者无不拔擢，所推崇者无不遭祸。崇祯帝继位后，三案又重新被翻了过来，魏忠贤及其党羽都受到了处罚，在魏忠贤专政时冤死的诸臣一一给予赠官赐恤，被撤职的均召回复官。此后，此案的余波还在继续，由三案而形成的门户之争一直持续到明朝灭亡，甚至直到南明小朝廷时也没有间断。
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