1862年，这一年清朝可以说刚刚挺过亡国的危险。在这之前英法联军攻陷北京，火烧了圆明园。咸丰帝被迫逃亡热河。而南方的太平军势头正猛，占领了南方半壁江山。好不容易英法联军撤走了，清朝熬过了这一劫，结果又有新的麻烦出现了。这个麻烦导致清朝损失2000万汉人，还有陕西的回族人也基本上消失。这次内乱就是同治回变。
同治回变是发生在同治初年的一场内乱，主要是国内民族的矛盾引起的。这场内乱是1862年开始，一直到1873年才结束，持续了11年。可以说这场内乱对整个西北有着重要的影响。这场内乱主要起因是当时清朝正忙着攻打太平天国，整个西北空虚。再加上西北的回族和汉族关系不好。很多汉族士绅和官府勾结压迫回族。所以这时候回族人民趁机作乱。当时回族人在全国各地都趁机起义。在山西、陕西、甘肃、云南等地到处都有起义军。不过，最严重的就是陕西和甘肃地区。
甘肃和陕西有著名的回军十八大营，说白了就是十八个起义军的领袖。起义初期，这些人利用汉族和回族之间的矛盾迅速把回族人煽动起来，而且更重要的是整个国家到处空虚，所以前期进展很顺利。起义军也攻占了很多城池。不过之后这些人因为仇恨的原因，开始大量的报复汉人。在很多地方屠杀汉人。在十一年的起义期间，西北汉人损失超过2000万人。说真的，这无异于种族灭绝。当太平天国失败之后，清朝迅速转过来镇压这次起义。比较出名的就是左宗棠带领自己的湘军来镇压。当然，也是由于仇恨的原因，之前被屠杀的汉人在清军来了之后也开始大规模屠杀回族人们。最终的结果是在整个陕西境内基本上没有回族的存在。
这次起义可以说对清朝内部造成了严重冲击。而且极大地加剧当地民族之间的矛盾。一直到新中国成立之后这些矛盾才彻底解决，真正实现了各民族和平相处。
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