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其中最常见的坏菌是念珠菌，属于酵母型或真菌型（fungus）的病原菌，通常存在于人体内或体表，至于消化道和女性阴道，也会有少量的念珠菌跟好菌共存。
高糖、产酸或缺乏矿物质的饮食，都会助长念珠菌。念珠菌很投机，常会趁虚而入，只要饮食不正确，服用抗生素，或者因服用避孕药而改变体内化学组成，就会成为让念珠菌占上风的温床。
念珠菌最容易侵袭阴道和肠道，而且很快就会蔓延到血液，开始在每个器官建立菌落，引发所谓的全身性感染。高危险人群（念珠菌感染症常见高危险人群包括免疫不全、脏器器官移植及癌症接受化疗后身体虚弱的病人）就算只使用抗生素短短2天，也会加速念珠菌增生。念珠菌菌落增生后，就会产生有毒废物循环全身，毒害并弱化免疫力和内分泌系统。
念珠菌症的症状
念珠菌增生，一般称为念珠菌症或念珠菌感染综合征（CRC,Candida Related Complex），一直跟许多症状有关，包括食物过敏、消化不良、经前综合征、皮肤起疹子、慢性便秘、反复头痛、慢性阴道炎、化学物质和环境过敏性反应、健忘、心智不清(mental fuzziness)、性欲减退等。念珠菌感染综合征会跟其他疾病一起发作，例如慢性疲劳、癌症、艾滋病、EB病毒、支气管炎、肺炎和免疫不全症。
专家估计，每3个美国人就有一个患念珠菌症（妇女约80%都曾患念珠菌症），尤其好发于年轻人群，但大多数人都没想到是念珠菌在作怪。
为了逆转念珠菌增生的情势，必须修复体内环境，以免念珠菌称霸。这有赖两个行动：一是把血液导向碱性且富含矿物质，进而杀光坏菌和投机的寄生生物；二是让好菌收复失土，恢复正常消化。为了重建免疫系统，这两项行动缺一不可，除非改善体内环境，促进好菌生长，否则无助于好菌收复失土。
修复体内生态所面临的阻碍
初次使用抗生素时，几乎可以杀光所有引发感染的菌株，但细菌终究会改变基因组成，开始产生抗药性，一旦随着有抗药性的细菌开枝散叶，势力逐渐壮大，就会有惊人的环境适应力，这时候就很难消灭了。
但其实，只要改变体内环境，这些细菌就无法生存，人体平衡饮食正是会改善体内细菌的栖息地，以免坏菌称霸。
人体滥用抗生素，就如同环境滥用农药，以致害虫对许多农药产生抗药性，农药厂家只好不断调整配方。然而，农药通常也会杀死无害的生物，例如其他昆虫、鸟类和动植物，这就相当于抗生素破坏了体内的好菌一样。
重视益生菌
友善的细菌（又称益生菌），包括乳杆菌（胚芽乳酸杆菌Lactobacillus plantarum和双叉乳酸杆菌Lactobacillus bifidus）以及有益的酵母菌（克菲尔酵母菌Saccharomyces kefir和克菲尔串珠酵母菌Tourla kefir），对许多身体功能来说均不可或缺，可以帮助白细胞对抗疾病，控制肠道里面的腐臭细菌，提供造血所需的重要营养，帮助消化，保护肠黏膜，防止腹泻和便秘，促进排便。益生菌也会制造重要的维生素B，也是维生素B12最主要的来源。
超市、便利店等销售整瓶的益生菌，通常是放在冰箱里保存，以免效果打折。
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