各类癌症基因检测技术优劣势大对比！

　　写在前面

　　提到基因检测，前几年，临床医生在向患者推荐时还心存疑虑，而近两年，基因检测已成为癌症诊疗的标准动作，基本上每一个癌症患者都有一套自己的基因检测报告。

　　不得不说，一个患者一套方案的个体化诊疗时代已经到来。比如，一位患者患了癌症，不仅要做病理诊断还要做全基因检测，发现突变位点，进而为患者制定包括化疗，靶向，免疫治疗方案，以及家族癌症风险评估。

　　首先，什么是癌症基因？

　　人的DNA是遗传物质的载体，而基因就是DNA中真正有含义的片段。癌友之所以会得肿瘤，归根结底是由于身体内累积了许多有害的基因突变，千奇百怪的变异，最终导致了癌症。

　　癌细胞中可能发生许多类型的基因改变。主要类型包括：

　　1.基于DNA的改变

　　（1）碱基替换

　　（2）插入或缺失

　　（3）拷贝数变异

　　（4）重排

　　2.基于mRNA的改变

　　mRNA可以在癌症中存在或不存在。当存在时，它们有时会“过度表达”（表达水平高于正常水平）。通常在DNA水平检测突变更容易，而如果要检测ALK,ROS,NTRK等近两年靶向研究突破重大的融合突变，则需要在mRNA水平上检测才更为准确。

　　3.基于蛋白质的改变

　　蛋白质可以在癌症中存在或不存在。使用免疫组织化学（IHC）可以检测蛋白质的突变或缺失。在临床用药过程中，检测蛋白质水平对用药指导也具有重要的意义。例如，在肺癌中，针对EGFR靶向药的选择是基于DNA水平的敏感性检测，而非蛋白层面的免疫组化（IHC）检测。但是，最近的一项研究表明，与单独化疗相比，使用免疫组化（IHC）测量的高水平EGFR表达可预测对西妥昔单抗（抗EGFR抗体）联合化疗的反应。

　　其次，什么是癌症基因检测？

　　什么是癌症基因检测？什么是癌症基因检测？

　　我们都知道，癌症是一种具有遗传倾向的疾病，跟基因突变有着千丝万缕的联系，而这些基因在某些程度上，也决定了癌细胞的生长与分裂，并且这种突变也可能会遗传。这时候就可以针对肿瘤的基因图谱进行测试，从而确定到底是发生了哪些突变，而这个过程就叫做基因检测。

　　肿瘤基因测试范围从简单到复杂。最简单的测试只检测一种基因中的一种类型的突变。比如仅在BRAF位置c.1799处寻找特定T到A置换突变的试验。

　　相反，最复杂的测试可以同时检测所有主要类型的基因改变，包括替换，重复，插入，缺失，插入，基因拷贝数变异和结构变体，包括倒位和易位。

　　最后，基因检测技术优劣势大对比！

　　基因检测的技术其实很多，外行人根本就无法准确辨别。全球肿瘤医生网为大家罗列的13类基因检测技术的优劣势对比，让大家一目了然。

　　1.等位基因特异性PCR

　　优点：敏感性 -需要突变存在1-5％。无需特殊设备。

　　缺点：目标特异性，无法检测到可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。

　　2.Sanger双脱氧测序

　　优点：可以检测到各种未知的突变。如果首次从样本中提取融合转录物的RNA，可用于检测基因融合。

　　缺点：劳动强度大，需要突变DNA存在20-25％。无法检测到外显子或基因拷贝数的变化。

　　3.焦磷酸测序

　　优点：快速和灵敏地检测5％水平的突变DNA。

　　缺点：需要焦磷酸测序仪器;在可以在肿瘤DNA中检测到的突变类型方面受到限制。

　　4.质谱法

　　优点：灵敏，存在5-10％可靠地检测突变DNA;测试多个基因。

　　缺点：需要质谱仪器; SNV特异性并且不能检测可能存在的肿瘤DNA中的其他突变。

　　5.单碱基扩展测定

　　优点：灵敏，可靠地检测突变DNA，如果以5-10％存在;测试多个基因。

　　缺点：SNV特异性并且不能检测可能存在于肿瘤DNA中的其他突变。

　　6.多重连接依赖性探针扩增 - MLPA

　　优点：快速且能够同时检测多个突变。可以检测到10％的目标SNV。

　　缺点：对于外显子或基因拷贝数变异检测，需要突变DNA以20-40％的水平存在。靶向的SNV和外显子和基因拷贝数变体都是特异性的，并且不能检测到肿瘤DNA中的其他突变。试剂盒可能不适用于感兴趣的基因或突变。新鲜冰冻组织检测效果优于石蜡包埋组织提取DNA。

　　7.荧光原位杂交 - FISH

　　优点：轻松检测基因拷贝数变化和有针对性的SV，这些SV不易被其他方法检测到;基于细胞的成像可以检测一小部分细胞中的事件。

　　缺点：需要石蜡包埋组织未染色的切片;无法检测到实体瘤肿瘤中发生的大多数突变类型。

　　8.新一代测序-扩增捕获

　　优点：能够同时检测单个碱基替换以及更复杂的突变，包括单次测定中许多基因中的重复，插入，缺失和插入缺失;需要少量的DNA。当测序到高“覆盖深度”（1000x覆盖率）时，测定对于检测低丰度突变是敏感的。

　　缺点：昂贵;需要一种完全不同于其他分子检测方法的DNA制备方法。无法检测基因拷贝数变化和SV。

　　9.新一代测序 - 杂交捕获

　　优点：能够同时检测单个测定中许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因拷贝数变化。探针也可以设计为捕获经常重新排列的基因中的选择性易位断点，如FoundationOne TM。

　　缺点：昂贵;需要与传统上用于其他分子突变测定的完全不同的DNA制备方法;需要更多的肿瘤组织;需要复杂的生物信息学。

　　10.新一代测序 - 全外显子组测序

　　优点：综合性中等。在同一检测中，可同时检测许多基因中的替换，重复，插入，缺失，插入和外显子和基因拷贝数变化。

　　缺点：昂贵;需要完全不同于传统上用于其他分子突变检测技术的DNA制备方法;需要更多的肿瘤组织;需要复杂的生物信息学。

　　11.新一代测序 - 全基因组测序

　　优点：最全面。可同时检测整个基因组中的替换，重复，插入，缺失，插入，基因和外显子拷贝数变化以及染色体反转和易位。

　　缺点：昂贵和低产量;需要完全不同于传统上用于大多数突变检测技术的DNA制备方法;需要更多的肿瘤组织;需要复杂的生物信息学;对数据存储和处理有巨大的计算需求。

　　12.数字PCR - ddPCR

　　优点：高水平的敏感性和特异性;相对便宜。

　　缺点：只能检测已知的有针对性的突变;受限于检测到的突变类型;每个测定只能检测到有限数量的突变。

　　13.BEAMing技术

　　优点：高度的敏感性和特异性。

　　（内容来源：环宇达康 由小析姐整理编辑）