嘉靖皇帝晚年做了一件违背礼制的事引得满朝文武大臣不同意嘉靖二十一年，宫女杨金英等谋逆，刺杀嘉靖皇帝，嘉靖皇帝全依赖方皇后才没有受害。为了表示感激，把皇后的父亲方泰和叔父方锐都
嘉靖二十一年，宫女杨金英等谋逆，刺杀嘉靖皇帝，嘉靖皇帝全依赖方皇后才没有受害。为了表示感激，把皇后的父亲方泰和叔父方锐都进封为侯，起初，曹妃颇有姿色，皇帝很宠爱她，册封为端妃，日夜宠信。杨金英等因此利用机会，用绳准备勒死皇帝。结果把绳子打成死结，刺杀皇帝未遂。一同谋逆的张金莲害怕了，就去报告方皇后，方皇后急忙赶到，把绳子解开，皇帝才得救。
皇后命令太监张佐逮捕叛乱的宫人，说杨金英等人是按照王宁嫔指示进行刺杀，说，曹端妃虽然没有参与，但是肯定也知情，当时皇帝因为受到惊吓，不能说话，所以皇后就以皇帝的名义，把曹端妃，王宁嫔，以及杨金英等一同凌迟处死。并且诛杀这些人的亲族。实际上曹端妃并不知情，皇后不过借这次机会除掉这个女人。皇帝深知曹端妃冤枉，但是也很无奈。
嘉靖二十六年孝烈方皇后病死，而不是野史中的被火烧死。嘉靖皇帝亲自制定追谥的礼节，并且等待礼仪完毕，还颁诏天下。等到出了丧期，礼部的大臣按照制度应该把孝烈皇后的神主安放在奉先殿的东侧室，皇帝说，东侧室，不是正殿，孝烈皇后应该祔太庙。
于是大学士严嵩等请求把孝烈皇帝神主设位于太庙东，皇帝母亲睿皇后的神位旁边，明宪宗邵皇太后明世宗亲祖母右册，以从祔于祖姑之义。皇帝说祔礼是很正式隆重的事情，不可以随随便便，皇后不是皇帝，是陪从皇帝的，要有一定次序，哪里有随便祔礼在其他皇后旁边的道理，应该按照朕的次序祔礼，不能随便乱来。严嵩说，祔礼的顺序，不是臣下随随便便说的，所以还是按照先朝惯例比较妥当。还是祔礼在明世宗母亲睿皇后旁边。
嘉靖二十九年嘉靖皇帝默默无语。后来大臣上疏说，孝烈皇后位居中宫，按照礼仪制度可以祔礼太庙，但是涉及到皇帝的数位皇后次序，这样我们臣子的意见，还是应该遵照先祖惯例，不应该破坏这样的规定。皇帝震怒。这时徐阶、杨思忠惶恐进言，周代建立天子九庙，三昭三穆，本朝的祖庙，是一个宫堂，但是不同宫室，跟周礼不同，今天太庙九个位置都满了，如果按照当今皇帝的辈分，明仁宗皇帝应该当祧，因为明仁宗是陛下的五世祖，如果在太庙增加两个位置，那么仁宗神位可不必祧，孝烈皇后的神位也能安放。
明世宗虽然不愿意遵守礼制，但是他所作的一切都是一个人正常的感情，人的感情怎么能总被那些冰冷的规定束缚爱是一种自然的力量。如今，经历过生死危难的他对孝烈皇后的款款深情，即便阴阳相隔也无法阻挡。他在自己的晚年，多次强调要求，把孝烈皇后跟自己百年以后的神位并列在一起。他唯一的希望就是百年之后孝烈皇后能够真正伴随他，也是可以理解的。遗憾的是，最终他的这个心愿也没有能够实现。
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