事实上，美国在投放原子弹迫使日本投降时，首选的城市是京都。
首选目标是京都
1945年4月，为了确定轰炸的城市，美国“曼哈顿工程”负责人与陆军航空兵的专家组成目标选定委员会，要从日本城市中挑出4座2座为首要轰炸目标，两座为备选。
最初的候选名单包括有17个城市，包括了东京、川崎、横滨、名古屋、京都、大阪、神户、广岛、吴、下关、山口、八幡、小仓、熊本、福冈、长崎、佐世保。
你看，其实一开始就用这么多的供选择的打击目标。
从军队的角度来说，目标重要性越高，震慑效果越好。但这是人类历史上第一次投放原子弹实战，遴选的标准要综合文物保护、科研、战后管理等因素，尤其是对原子弹现实破坏性的测量。
因此，城市当时被破坏的程度至关重要，程度越小，越科研准确评估原子弹的威力，其次，投放城市不能太大，也不能太小，最好将破坏控制在一定范围，更方便美军专家做事后评估判断其威力。
这样一来，东京、大阪、名古屋几座面积大、同时已破坏严重的城市就被剔除了，随后，佐世保、吴等小城市也随之删除。
多方考虑后，5月10日至11日，委员会选定了第一批城市：1、京都，AA级目标，2、广岛，A级目标，3，横滨，A级目标，4，小仓，A级目标。
这些目标都具有共同的特征：
1、军事、工业潜力高，要么是军备供应和生产中心，要么是重要指挥部或军队集结地。
2、城市直径4.8公里以上；
3、地形平坦，爆炸冲击波的效果可以得到充分发挥。
随着战局的变化，委员会的讨论也更加细致，并于5月28日选定了新的目标城市，并与军队协调，即投放原子弹之前，禁止对这些城市常规空炸，而这四座城市按轰炸优先级排列是：京都、广岛、小仓、新潟。
本来京都成为首要原子弹投放城市已经板上钉钉，但是当“曼哈顿工程”负责人将名单提交给马歇尔时，却遭到了陆军部长亨利史丁生的反对，亨利在20世纪初担任菲律宾总督时，曾多次造访京都，对这座优雅而美丽的千年古都感情很深，他认为，京都对日本人有巨大的感情价值和宗教意义，如果将其毁灭，将给战后管理带来很大的困难。
马歇尔认为原子弹投不投在京都无关紧要，即使不用原子弹，几个月以后也得用燃烧弹和高爆弹轰炸，最后亨利找到了杜鲁门总统，劝说其将京都从名单中划掉，并继续禁止对其常规红红，杜鲁门同意了。
于是首选目标变成了广岛，那么为什么不在名单上的长崎最终成为了投放目标呢？
天气导致长崎被炸
在美军在8月6日对广岛投放原子弹之后，于8月9日准备对第二目标小仓投弹，并将长崎作为备选。但当天小仓的天气十分不利，装有原子弹的轰炸机“博克之车”在云层上穿梭了3次仍然未找到缺口，最后只能向第二目标长崎飞去。
此时，长崎上空的云层也很厚，云量达到了十分之八，“博克之车”第一次通过时未能找到目视投弹目标，按照规定，机长斯韦尼在这种情况下应该带弹返回，但他和机组成员商量后决定采取用雷达轰炸。
“博克之车”在宾岛上空调头，携带空投测量仪器的“伟大艺人”号紧随其后，两机从西南方向进入长崎上空，向预定爆心–––––三菱重工长崎船厂方向飞去，10时58分，投弹手向预定轰炸目标扔下了原子弹。
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