受到演义小说的影响，世人都认为秦叔宝战功赫赫。但是事实上秦叔宝与其他隋唐英雄相比，排在凌烟阁二十四功臣之末。为何如此？这要回到当时李世民给二十四功臣排位的时候说起。根据史料分析，入选凌烟阁功臣的标准主要是四项： 一，入关定鼎之功（从晋阳起兵至李渊称帝时期的功劳）；二，天下统一之功（在唐朝统一天下过程中的功劳）；三，玄武夺位之功（李世民夺取皇位过程中的功劳）；四，贞观治国之功（帮助唐太宗开创“贞观之治”的功劳）。
第一、入关定鼎之功
秦叔宝初为隋将，先后在来护儿、张须陀、裴仁基帐下任职，因勇武过人而远近闻名。后随裴仁基投奔瓦岗军领袖李密，瓦岗败亡后转投王世充，因见王世充为人奸诈，与程咬金等人一起投奔李唐。公元618年李渊称帝，619年秦叔宝和程咬金投靠李唐。所以李渊晋阳起兵至李渊称帝时期的功劳秦叔宝基本没赶上。
二，天下统一之功
投奔李唐后，被唐高祖李渊安排到秦王李世民府上任职。李世民对秦琼的英勇早有耳闻，对他十分礼遇。之后就随李世民南征北战，是一个能在万马军中取敌将首级的勇将。在此不惜表。
三，玄武夺位之功
秦叔宝排名靠后，吃亏就吃在第三条，他在玄武门之变时，完成抽身离开了，一点都没参与整个事变，在整个事变当中，最为勇猛的当属尉迟恭，他直接带兵砍杀李世民的两个哥哥，是血流成河的直接导致者，李世民对他的表现自然颇为满意，事后他得到封邑1300户的奖励。
秦叔宝为何不参与这场事变呢？有学者推测，他当时虽是李世民的人，但他也知道玄武门之变是一场夺嫡的皇室斗争，这跟在战场上杀敌是不一样的，那些敌人都是唐朝的敌人，而玄武门事件中，没有唐朝的敌人，秦叔宝希望能保全自己的志节，不愿同室操戈，于是只好消极避战。秦叔宝是大唐的一员骁将，也是一位忠臣，可是他忠于的是整个国家，却不是对李世民的忠臣。
四、贞观治国之功
在李世民登基之后，秦叔宝便因伤病在家中休养，很少再叱咤疆场。因此，后期的秦叔宝战功并没有多少，可是李靖，李绩，侯君集，尉迟恭，程咬金却一直活跃在战场之上，战功后来居上逐渐赶超了秦叔宝。所以李世民在建立凌烟阁时，并不能因为个人喜好随便排名，需要顾及所以人的感受，所以参战过少，功绩不足的秦叔宝只能排名最后。
隋末时期属于乱世，很多名将脱颖而出，立下赫赫战功。然而打江山容易坐江山难，唐朝建立以后需要进行休养生息，稳固政权，因此武将无用武之地，地位一落千丈，难以再捞取太大的功劳。这时候文臣的地位直线上升，治国安民功绩逐渐赶超开国名将，因此凌烟阁二十四功臣中地位排名靠前的大多数是文臣，武将的地位只能靠后。
在这四项标准中，功臣们起码要满足两到三项才有资格入选凌烟阁功臣。所以像裴寂、刘文静、封德彝、武士彟（武则天之父）基本只有“入关定鼎之功”的功臣，还有王珪、韦挺、岑文本这些基本只有“贞观治国之功”的功臣就没能入选凌烟阁功臣。李世民来综合上面四条就把秦叔宝排在第二十四位了。
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