侯耀文1948年7月17日生于北京，是相声大师侯宝林的第三子。母亲王雅兰，天津人氏，是一位京剧演员，解放后，在街道上组织了一个京剧团，义务教戏，培养青年演员，耀文先生深厚的京剧功底也得益于母亲的教导。
1960年，12岁的侯耀文首次登台，表演节目是父亲曾说过的《醉酒》。此后，由于父亲侯宝林反对他从事相声事业，侯耀文以小名"小阿弟"作为自己的艺名，在相声舞台上度过了最初年时光。
2007年6月21日下午，侯耀文在天津参加了《笑傲江湖》总决赛最后一场的录制，定于7月初播出的该期节目成了侯耀文先生在电视屏幕上的最后演出。不料，在录完节目第二天就心梗去世。侯耀文的徒弟也是众多，最优秀的当属郭德纲，他死后郭德纲带着众徒弟来祭拜他，哭得实在伤心。
1979侯耀文与同为铁路文工团的舞蹈演员刘彦结婚，1980年7月，女儿侯瓒出生。1990年二人离婚。1993年侯耀文与袁茵结婚，1998年小女儿妞妞出生， 2004年二人离婚。但是两个同父异母的姐妹并没有向别的亲姐妹那么亲，她们都不联系的。
侯耀文长女侯瓒表示，父亲去世后，所谓的遗产，自己仅见到一部车和一处含有欠贷的房产(玫瑰园别墅)。2009年2月，侯瓒就将12岁的异母妹妹妞妞起诉到法院。在历经一年多的诉讼之后，该案最终以双方和解而告终。2011年3月23日，耀文的骨灰入葬昌平区天寿陵园。事件算是了结平息。
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