关于清朝光绪皇帝的死因，在之前的史学界还有着不少的争议，但是随着现代科技的发展，对于光绪皇帝的遗体进行研究的课题组在2008年公布了一份一万多字的报告，证实了光绪皇帝被砒霜毒死的事实。
虽然没有直接的证据表明下毒的人就是慈禧太后，但是种种侧面的证据已经将其他的嫌疑人（袁世凯、李莲英等）排除在外了，因此毒死光绪皇帝的，只能是当时清朝的实际最高权力者，垂帘听政的慈禧太后，这一点也在现在的史学界获得了绝大多数的认可，尽管清代的宫廷不可能将这种事情记载到史书当中，但是真相只有一个，光绪皇帝的死因，只有可能是被他的姨母慈禧太后下令毒死的。
那么为什么慈禧太后要毒死光绪皇帝呢？这其中有着多方面的原因，小编在这里先介绍一下其他方面的原因，这些原因虽然单独拿出来显得比较次要，但是放在一起来看的话，就可以理解慈禧太后为何要处心积虑地除掉她自己的亲侄子了。首先先来说一下慈禧太后和光绪皇帝的关系，光绪皇帝载湉是在慈禧太后的亲生儿子载淳去世之后被慈禧太后扶植到帝位上的，当时年幼的光绪皇帝只是慈禧太后能够继续垂帘听政的一个工具。
慈禧太后之所以会选择载湉来继承皇位，有很大一部分原因就是因为载湉是她亲妹妹的儿子，在血缘上关系更近，慈禧认为这会有利于她对于皇帝的控制，但是让慈禧太后很失望的是，光绪皇帝并不满足于仅仅做慈禧手下的一个傀儡帝王，他有着自己的政治抱负，而且他在政治上的意见和慈禧太后有着很大的不同，甚至可以说是敌对的，因此慈禧太后也就早早地对他有了诸多的不满，在甲午战争之后，光绪皇帝重用康有为等人，推行了戊戌变法，这也极大地威胁到了慈禧太后等一众保守派的利益，从此他们之间的关系就越来越差了。
让慈禧太后更加看不惯光绪皇帝的另一个原因就是因为洋人们对于光绪皇帝的支持，当时的洋人十分欣赏光绪皇帝变法的政策，认为他是一个很开明的皇帝，而不喜欢过于保守的慈禧太后，光绪皇帝的开明，更有利于洋人们在中国进行的经济和文化活动。
而一直很守旧的慈禧太后十分痛恨洋人，她也就对光绪皇帝越发不满了，当时的慈禧太后曾经不止一次地宣称要废除光绪皇帝，但都被身边的人劝下来了，劝慈禧的人当中就有和光绪皇帝交好，深受慈禧宠爱的荣寿公主。
慈禧太后一直以来都有处死光绪皇帝的想法，但由于他不具备威胁，因此慈禧太后一直留着他，并且利用他来干预朝政，两人之间的关系一直以来都很不好，虽然光绪皇帝十分害怕慈禧太后，明面上对她毕恭毕敬的，但是暗地里光绪皇帝也很痛恨这个抢走了自己皇权的老婆子，慈禧太后担心在她自己去世之后，重新掌权了的光绪皇帝会对自己苦心建立的集团以及族人不利，这也就是慈禧太后杀死光绪皇帝最重要的原因。
在慈禧太后临死之前，她要做的最重要的事情就是处死光绪皇帝，最终她选择了不容易被人发现的毒杀。这也就是为什么慈禧太后和光绪皇帝的逝世时间仅相隔一天，慈禧太后不希望自己去世之后光绪皇帝还活着，而且当时光绪皇帝去世之前，他的梓宫就已经停在了宫中准备发丧，慈禧太后所钦点的年幼的溥仪也早早来到了紫禁城当中准备继承皇位，这些证据都足以表明，慈禧太后处死光绪皇帝是一次预谋已久的谋杀。
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