一年当中，由于四季气候和水温的差异，锦鲤所易发的病害也有所差异。春季，随着水温的逐渐回升，万物复苏，病害也较多。通常水温在十二到二十度时，比较适宜于各种病原体生长。常见的寄生虫病有：小瓜虫、斜管虫、车轮虫、三代虫、指环虫、黏孢子虫；还有鱼病、锚头蟹病等。细菌病有：烂鳃病、水霉病、白头白嘴病、烂尾病、肠炎、打印病等。
春季是繁殖季节，在繁殖期间，鱼卵容易得水霉病。到了夏季，水温在二十六到三十度，此时鱼病较少，寄生虫病中锚头蟹病、鱼鲍病较为普遍，烂鳃病、出血病、打印病等时有发生。由于夏季的水温高，水体的溶氧量较低，投喂量通常会大些，比较容易发生缺氧事故。
到了秋季，随着气温的逐渐下降，水温十二度到二十度，情况基本与春季相似，鱼病情况与春季基本相同。冬季水温较低，通常在三到十度，在这种水温下，一般较少发生鱼病，冬季的鱼病主要有：斜管虫病、水霉病、烂鳃病、烂尾病、出血病、锦鲤胞疹病毒病。北方的越冬锦鲤在冰下容易缺氧，需注意充氧。
观赏鱼包括锦鲤，它们比较常见的鱼病，例如小瓜子虫病、斜管虫等，小瓜子虫病也叫白点病，是一种肉眼能看见的比较大的原生动物纤毛虫——多子小瓜虫引起的疾病。寄生在锦鲤的皮肤、鳍条和鳃组织里，摄取锦鲤的上皮细胞为生。严重时，全身皮肤和鳍条满布白色的孢囊，故称为白点病。小瓜虫病的流行有较明显的季节性，一般发生在气温为十五到二十五度的春、秋两季。当水温下降到十度以下和上升到二十六到二十八度时，虫体发育停止，二十八以上幼虫即死亡。
由于脱离鱼体的小瓜虫能自由生活的时间不长，从孢囊里孵化出来的幼虫也只能存活三十六到四十八个小时，所以在没有其他病害的前提下，可采取自然杀灭方法达到消灭小瓜虫的目的。可将池或缸中的锦鲤全部捞出，经过七到十天的空闲休息，水中的小瓜虫就会完全死掉。
注意：不能用硫酸铜和硫酸亚铁合剂治疗小瓜虫病，使用该药不但对小瓜虫杀灭无效，反而会促进小瓜虫形成孢囊而大量繁殖，使病情更加恶化。
斜管虫病的病原是鲤斜管虫。幼苗期主要是损害皮肤和鳍条，成鱼除侵害皮肤外，同时大量侵袭鳃、口腔黏膜和鼻孔，当鱼体和鳃丝部位受大量病原体刺激时，引起黏液大量分泌，将各鳃小片黏合起来，束缚鳃丝的正常活动，导致锦鲤呼吸困难，严重的时候会让鱼体消瘦发黑，漂游于水面，或者停浮在鱼池的下风处而死亡。
死亡的病鱼鱼体表面粘液较多，鳃丝肥厚，呈淡红色，斜管虫一般会在水温十二到十八度时开始繁殖，有时低于八到十度还会大量出现，而当水温到二十八度以上，这种病不易发生。
防治斜管虫病，可以用生石灰对鱼池进行彻底消毒，按照每亩一百五十克这个比例即可。另外用一定比例的硫酸铜或硫酸亚浸洗半个小时可以起到预防作用，全池泼洒可以起到治疗作用。
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