叶尔羌汗国是中国明代新疆建立的伊斯兰教地方政权，建立者苏丹赛义德汗为一个带有蒙古血统的突厥化贵族，即蒙兀儿人。史籍称“蒙兀儿汗国”、“喀什噶尔汗国”、“赛义德汗国”等。《明史》对新疆各地政权统称“地面”。因首府为叶尔羌（今莎车），故名。统治者系察合台后裔。辖地为“阿尔蒂沙尔”（即六城：喀什噶尔、叶尔羌、于阗、英吉莎、阿克苏、乌什），盛时包括吐鲁番、焉耆和费尔干纳。1514年建国到1680年亡，凡166年，历11代汗的统治。境内居民为维吾尔族、柯尔克孜族等。居民从事农、牧业。逊尼派为国教。东察合台汗国的第12任汗阿黑麻在位时，把都城设在吐鲁番。他死前，长子满速儿在吐鲁番即位，成为东察合台汗国的第13任汗。
赛义德亚汗国的奠基者是察合台后裔赛依德，他是东察合台汗国满速尔汗的三弟，为争夺权利，联合另一兄长赫力烈在伊犁河谷和七河流域发动暴乱反对满速尔汗，并颠覆了亦力把里政权。不久，暴乱被满速尔汗平定，赫力烈被杀，赛依德逃亡到帕米尔高原，并控制了费尔干盆地。由于在塔里木盆地以南扩张的屡次受挫，他逃往阿富汗的喀布尔城，投奔远房表亲帖木儿的后裔巴布尔。
1513年，喀什、阿克苏、叶尔羌相继被赛依德的军队攻陷。在叶尔羌城城被攻陷前阿巴拜克让位给儿子，自己携大批财宝外逃，他将大批财宝倒入喀浪沽河，企图拖延赛依德军队追击的速度，但他仍旧在昆仑山被俘，在押往叶尔羌的途中被秘密处死。
1514年9月，赛依德正式称汗，定都叶尔羌，建立了叶尔羌汗国。
随着东察合台汗国的衰微，叶尔羌汗国的势力渗入伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。1516年，满速尔汗向赛依德称臣。之后，依德相继征服了巴达克山和帕米尔高原南部的瓦罕地区，并一度深入到今巴基斯坦俾路支地区。随后赛依德领兵进攻克什米尔，突入克什米尔腹地，并逼近克什米尔都城，但不久遭到当地军民的反抗，1533年，赛依德撤军，病死在返回叶尔羌的途中。
汗位的继承权引发统治阶级内部纷争。汗国宰相赛依德阴谋篡权未遂，被赛依德汗的长子热西德处死。1533年，热西德成为叶尔羌汗国的第二代汗。他是一个对文化活动相当重视的君主，叶尔羌汗国进入了文化繁荣期。他在位期间，其妻子阿玛尼沙罕开始组编《木卡姆》，为后人留下了宝贵的文化财富。1570年，热西德死后，其子阿不都克里木继位。当东察合台汗国的沙汗战死后，阿不都克里木趁机出兵占领吐鲁番、哈密卫等东部地区，重新统一西域。东察合台汗国就此消失。此时，叶尔羌汗国达到鼎盛时期疆域包括天山南部、巴尔喀什湖以东、以南地区费尔干盆巴达克山、和瓦罕地区，管辖着祖国西部实际的版图。
阿不都克里木之后热西德的五子穆罕默德称汗。穆罕默德之后，其子艾合买提有过短时间执政。热西德的九子阿不杜热依木进军叶尔羌企图称汗，但在阿克苏遭到打击，1594年，阿不杜热依木在吐鲁番建立政权统辖东起哈密西至赛拉米（今拜城）之间的塔里木盆地的北缘地区。并一度越过天山，使准噶尔盆地以东的七个小汗国臣服于他。叶尔羌汗国开始分裂。之后，叶尔羌汗国的统治权又回到热西德汗诸子手中。新可汗是阿不都里提夫。叶尔羌汗国的衰败自此开始。他死后，其婿穆罕默德继位。
1627年，吐鲁番统治者阿不杜热依木之子阿不杜拉继位。乘其兄弟争夺吐鲁番统治权之机，阿不杜拉带领叶尔羌汗国军队出兵吐鲁番，再次统一了叶尔羌汗国，并使哈密地区臣服。他任命胞弟苏里唐为吐鲁番阿奇木，直接行政管辖吐鲁番地区。接着，他出兵伊犁河谷，在巩乃斯草原击败了准噶尔汗国军队，重新控制伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。经过一系列战争，叶尔羌汗国再次统一塔什干和费尔干。叶尔羌汗国大体恢复到赛依德时期的疆域。
在伊犁河谷和巴尔喀什湖一带准噶尔汗国取代了叶尔羌汗国的统治。司马依的统治勉强维持了十二年。1678年伊善教派的白山派首领和准噶尔可汗推翻了司马依的统治。赛依德家族的叶尔羌汗国结束了。
叶尔羌汗国从1514年建立，历经6代、11位汗主政，到1678年被准噶尔部灭亡，存在了165年。
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