这个问题很有意思。
乍一看，清朝比明朝厉害，解决了明朝200多年都解决不了的游牧民族问题。但事情并没有这么简单。概括说来：
明朝和清朝对征服蒙古的问题各有侧重，但相比之下清朝比明朝更深刻，治理效果更好更长久；
明朝和清朝面对的国际形势不同，清朝的蒙古问题更加国际化，相应的难度也更大！
那么，明朝和清朝采取了什么不同的手段呢？为何明朝始终无法彻底消灭蒙古，而清朝却差点让蒙古灭亡？静夜史认为有以下几点：
1、明朝的保守国策和单一的民族政策
明朝作为我国历史上最后一个由汉人建立的大一统王朝，有着鲜明的特点，那就是保守。今日我国境内的万里长城绝大多数都是明长城，这是明朝保守国策的体现。
朱元璋建立明朝后，摒弃了宋元以来的“重商主义”政策，重拾“重农抑商”的政策，大明王朝重新将土地作为帝国生产力的最主要依靠。
此举除了让明朝的财政收入长期低迷外，还造成一个重要的后果，那就是在对外疆域扩张问题上，基本都以适合农业发展为首要考量。像长城以北的漠北地区以及西域这些不适合发展农业的地区，明朝都没有强烈的扩张兴趣。
终明一朝，直接控制的区域始终维持在“两京一十三省”地区，向北以长城和蒙古为界。朱元璋时期在长城以北数百公里的地区建立了东胜卫、开平卫、大宁卫等卫所，但是在明宣宗时期纷纷放弃。
保守型的国策决定了明朝缺乏彻底征服并管理蒙古地区的内在动力，所以明朝宁可大兴土木修筑长城，也不会发动对蒙古的长期打击。
既然没有内在动力，那么明太祖和明成祖时期对蒙古的征讨是怎么回事呢？答案是外在动力！
元朝退回北方后，并没有消沉下去，反而不断南下侵扰，想要恢复大元帝国的版图。
此时的明朝不堪其扰，为了消除威胁，明朝大军不断北伐，一度打得蒙古军队溃不成军。
但是，明朝缺乏治理草原的有效手段，不光是明朝，历朝历代的汉人王朝都没有有效治理草原的手段。这导致明朝大军撤退后，草原上的蒙古部落可以重新组织起来，再度形成强大战斗力。
在明朝这里，“一仗打出30年和平”根本不现实，10年也不可能！所以无奈的明朝只能修建万里长城进行防御，意图以长城将蒙古彻底阻挡在中原之外！
待明朝转入防御后，蒙古开始再次膨胀，先后爆发了“土木堡之变”、“庚戍之变”等一系列入寇事件，明朝更加被动。
1571年，“隆庆和议”达成，但这只是明朝和漠南蒙古和解了，距离明朝征服蒙古还有十万九千里！
2、清朝的少数民族身份和多样化的政策
相比于明朝，清朝的前身是真正的蛮夷。
然而，正是这样的蛮夷身份，让清朝有了更灵活的手段，彻底解决蒙古威胁中原的问题。
清朝建立前的后金时期，努尔哈赤就不断和漠南蒙古发生战争。同时，为了分化瓦解，努尔哈赤和漠南蒙古各部落联姻，最终争取了漠南蒙古的臣服。
1635年，漠南蒙古臣服清朝。此时的漠北蒙古和漠西蒙古也先后向清朝进贡，清朝成为蒙古的宗主。
随后，1691年，康熙举行“多伦会盟”，将漠北喀尔喀蒙古纳入版图。
1757年，乾隆平定漠西蒙古准噶尔汗国，彻底解决了蒙古问题。
由于自己曾经是蛮夷，所以清朝对蒙古这样的蛮夷很有心得。在统一了蒙古后，清朝意识到蒙古的巨大威胁，所以防患于未然成为清朝统治者考虑的首要问题。
所以清朝在蒙古草原实行了一系列措施，保证了清朝统治的稳定，包括：
战争屠杀
征服蒙古不是一句空话，一句嘴炮，是实实在在打服的，打服的手段，就是战争。
从努尔哈赤开始，后金就不断对漠南蒙古用兵，终于击败察哈尔林丹汗，使漠南蒙古彻底臣服蒙古。
在喀尔喀蒙古方向，清朝没有用兵，喀尔喀蒙古各部主要是和沙俄以及准噶尔交战。
而在漠西蒙古方向，清朝手腕再次强硬起来！
1690年和1696年，康熙分别在乌兰木通和昭莫多打败噶尔丹，迫使其自杀；
噶尔丹自杀后，准噶尔汗国并未衰落。1716年，准噶尔南下入侵西藏，康熙两次用兵，终于在1722年成功进藏，驱逐准噶尔；
1723年，雍正派年羹尧平定青海和硕特蒙古叛乱，清军收复青海；
1757年，乾隆消灭准噶尔汗国，随后消灭大小和卓叛乱，终于在1759年，将整个新疆彻底纳入版图。
随后，在1820年，道光平定张格尔叛乱，再次维护了领土完整。
盟旗制度
针对蒙古逐水草而居最后聚合成强大力量的情况，清朝贴心地设置了“盟旗制度”，将各部落固定在一定的区域，没有清朝皇帝命令不得随便迁移，从而从根本上杜绝了蒙古人聚拢的可能。
蒙古人固定之后，抵御天灾的能力大大下降，遇到灾年，蒙古人只能在饥寒交迫中等待清朝的救援，很多人在慰问品到来前就先一步而去了！
另外，部落固定也带来了近亲结婚，乱伦等一系列问题，草原上的性病流行夺去了大量蒙古人的性命！
黄教制度
针对蒙古人信仰喇嘛教的事实，清朝在草原上大兴喇嘛教，大建喇嘛庙。并规定每个蒙古家庭除了留下一个男子守灶外，其余男孩全部出家。这样一来，蒙古人的生育率大大下降。
到1911年辛亥革命前夕，原有至少500万的蒙古人只有不到50万人，人口减少超过90?
3、沙俄的搅局，蒙古成为国际问题
一直以来，蒙古和中原王朝的冲突是农耕文明和游牧文明的冲突，在游牧民族不敌农耕文明的反击时，他们就会拼命地往北跑，跑到西伯利亚，跑到中原军队追不到的地方。
但是，沙俄来了。
1582年，哥萨克骑兵越过乌拉尔山，开始了在西伯利亚的疯狂扩张；
1600年，沙俄势力到达贝加尔湖一带，占据了贝加尔湖北部和西部地区；
1639年，沙俄到达鄂霍次克海，势力抵达太平洋沿岸；
1643年，沙俄侵入黑龙江烧杀抢掠。
沙俄的到来，为蒙古问题带来两个新变化：
蒙古再也不能随心所欲地北逃了，因为沙俄此时占据了西伯利亚，堵住了他们的退路。沙俄和漠西蒙古准噶尔部沆瀣一气，意图撕裂西域，威胁清朝进军中亚。可以说，沙俄的搅局，为蒙古问题增添了新的变数。
1689年，康熙和沙俄签订了《尼布楚条约》，规定了东北的边界，实际上也是对外兴安岭南北蒙古区域的划分。
1691年，准噶尔部不断东侵，沙俄也不断南下，喀尔喀蒙古各部处境危险，尤其是土谢图汗。在这样的情况下，喀尔喀各部选择归顺清朝，成为清朝的一部分。
清朝拥有漠北蒙古后，1727年雍正和沙俄签订《恰克图条约》，划定了清俄中段边界，随即中俄贸易开始繁荣；
《恰克图条约》签订后，意味着清朝和沙俄争夺的窗口已经局限在西域地区，所以准噶尔汗国的兴衰决定了西域的最终归属。
1755年，准噶尔汗国内部爆发天灾，民不聊生，在沙俄还未及时反应时，乾隆迅速出兵，彻底消灭准噶尔部，征服天山南北。至此这块从安史之乱后游离的地区彻底回到中原王朝怀抱！
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