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涡阳县境内主要水系有涡河、包河、北淝河、西淝河，顺地势自西北流向东南。此外，有武家河、芡河、界洪河等。
【涡河水系】
源出河南省通许县大青岗，东南流至安徽亳县西北，汇惠济河而水始大。又东向南，流经亳县城父寨七里桥入县境。
涡河流至义门集东南，漳河（现称“章河”）自西南注入。后曲折东流至大石桥，拖江沟自北注入。 自此，涡河入蒙城县界。涡河经县境55公里，流域平均宽度16.7公里，流域面积1268平方公里。总落差58.7米，河上口宽190米至200米，底宽140米至160米。
【 包河水系】
在县境东北，源出河南省黄河故道南岸，至河南省永城县大土店南荆庄入县境。喇叭沟水从河南永城县境内来，自北注入。 自此，包河越界入濉溪县，流域面积262平方公里。在县境行22公里。
【北淝河水系】
在县境东部，源于河南商丘。1953年，兴办引淝入涡工程，太清宫集以上由五道沟、青羊沟两处截入涡河；以下，北淝河归原道。至顺河集东南，蒋沟水自北注入。东南流至曹市集东南，殷家河自北注入。 自此，河东流入蒙城，在县境行16公里，流域面积280平方公里。
【西淝河水系】
上游称清水河，源于河南太康马厂集。至安徽亳县入县境西南，始称西淝河。该河沿太和与涡阳县界南去，界洪河水自东注入。在县境行8公里，流域面积263平方公里。
【武家河】
又名雉河，源出河南商丘的沙河，东南流入亳县。由县西北张庄入境。在县境行35公里。
【芡河】
源于县城西20公里处的清游湖，在县境行16公里。 1954年至1955年，该河于石雁沟、白膏沟、北风沟8处分段引入涡河。
【界洪河】
1958年开挖，自高公向东北，至孙楼东北入涡河。再东北向，至青疃麻疯病院西北而中断。（图文：徐厚冰||原创作品，侵权必究！）
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