这个问题，从火影本身的世界观来做出的解释多少都会有些不合理的地方。
那就跳出火影的世界观，换个角度来看
可能就是当初岸本画漫画的时候，为了埋下伏笔，不想让读者太早的猜出鸣人是四代火影的儿子。试想一下，如果鸣人真的叫波风鸣人，然后出来个四代，叫波风水门，除这两人之外，再也找不到第三个姓波风的人了，岂不是很容易就猜出来鸣人和四代火影之间的关系了。再往后父子相见的感情戏又该怎么展开？
再有一点，鸣人的招牌忍术，多重影分身，螺旋丸，都是很耗查克拉的忍术。而且整部火影中，鸣人很多次都是只剩下最后一口气，但又活了过来。而这也正好与漩涡一族生命力强查克拉多的特性相吻合。鸣人叫漩涡鸣人也就更好解释他的主角光环了。
还有一种说法，
波风水门是草根出身，没有姓！
波风水门就是他的名字，类似的还有自来也、弥彦~
感觉应该是四代对玖辛奈的一种体贴的表现，婚后玖辛奈没有改姓波风，孩子也姓漩涡，应该是四代自己做的决定。三代只是遵从四代的遗嘱。
毕竟姓漩涡的人没几个了吧，“漩涡”这个姓氏也差不多要消失了。站在四代的角度上看的话，希望妻子的姓氏不会消失，做出这样的决定也在情理之中哈！
严格意义上来讲，其实是出于掩盖身份的目的（虽然在我看来就是三代窝囊废的体现），尽管掩盖四代之子却不掩盖九尾妖狐是一个极端脑残的办法。
叫漩涡鸣人就代表他是妖狐的化身，叫波风鸣人就代表他是四代目火影之子，是英雄之子。以团藏的野心以及对人柱力的控制欲鸣人不可能叫波风鸣人
简单，因为岸本实在想不到别的办法来隐藏鸣人是四代火影的儿子的事实。
当然，换个姓全世界人都不知道他是英雄子嗣这种设定其实也蠢到爆炸。
当然，哪部漫画都有一些比较神奇的坑，比如，海贼王面子果实的断手，死神第一只虚的实力。
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