改革开放四十年来，在特定时期特定工作重心和目标的驭动下，国务院机构改革平均每五年进行一次大的调整和变动。
1978年改革开放启动后，经济建设成为党和国家工作的中心，政府设立了大量的经济管理部门和协调办公机构，导致国务院机构数量和人员编制大幅增加，带来了行政成本大幅提升和运行效率下降。
为了有效压缩行政成本、提升运行效率，加强中央对经济工作的统一集中指挥和推动体制改革的有序进行，1982年，我国启动了改革开放以来第一次国务院机构改革，重组了国家经济委员会，设立了国家经济体制改革委员会，负责经济体制改革总体方案的设计;同时，对有关部门进行了合并。经过精简，国务院部委、直属机构和办公机构由100个减少为61个，国务院机关人员编制精简了25%，由5万多名减为3万多名。
1982年的机构改革除了设立了后来对我国经济体制改革影响巨大的国家经济体制改革委员会外，主要以精简机构为主，尚未涉及到政府职能转变的视角。1988年启动的国务院机构改革首次提出转变政府职能的要求，将职能相似的部委进行合并，经过这轮改革，国务院部委数量由45个减为41个，直属机构由22个减为19个。
随着1992年建立社会主义市场经济体制改革目标的确立，国务院的机构呈现出诸多与市场经济体制不相适应的环节。1993年国务院机构改革，以适应建立社会主义市场经济体制的需要为中心任务，将很多行业主管部门改为国有企业和行业协会，经过改革和精简，国务院组成部门由42个减少为41个;直属机构由19个减少为13个;办事机构由9个减少为5个，非常设机构经过
大幅裁减，由85个减少到26个。
经过1993年国务院机构改革，政府对经济的直接管理部门仍然较多，政府宏观调控职能较弱，急需进一步转变政府经济管理职能，以更好适应社会主义市场经济发展需要。1998年国务院机构改革，以建立办事高效、运转协调、行为规范的政府行政管理体系和建立适应社会主义市场经济体制的有中国特色的政府行政管理体制为目标，坚持转变政府职能，实现政企分开。按照精简、统一、效能的原则，9个工业管理部门被撤销，多项部委职能移交给将企业和社会中介机构。经过改革，国务院组成部门由40个精简为29个;部门内设机构减少200多个，精简约四分之一;国务院行政编制由原来的3.23万名减至1.67万名，精简了47.5%。
1998年国务院机构改革在政府职能转变、组成部门设置和编制精简方而，远超之前的三次机构改革，奠定了我国现有政府职能定位和机构设置的基本框架.为后续国务院机构改革的推进打下了坚持的基础。2003年的国务院机构改革，增设了国有资产监督管理委员会、将国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会，成立了银监会，组建了商务部，将国家计生会更名为国家人口和计生委，国务院组成部门由29个减少为28个，为促进改革开放和现代化建设提供了更加坚强有力的组织保障。
2008年国务院机构改革，以探索实行职能有机统一的大部门体制为核心任务，合理配置宏观调控部门职能，形成更加完善的宏观调控体系;加强能源管理机构，组建国家能源局，组建工业和信息化部、住房和城乡建设部、环境保护部;整合人事部、劳动和社会保障部的职责，组建人力资源和社会保障部;整合交通部、中国民用航空总局的职责，组建交通运输部。经过调整，除国务院办公厅外，国务院组成部门由28个减少为27个，直属特设机构1个，直属机构15个，办事机构4个，部委管理的国家局16个，直属事业单位14个，正部级机构减少4个。
2013年的国务院机构改革，继续以在转变政府职能、理顺职责关系的基础上稳步推进大部门体制改革为重心，将铁道部撤销，设立国家铁路局和中国铁路总公司，实行铁路政企分开;整合和加强卫生和计划生育，组建国家卫生和计划生育委员会;将国务院食品安全委员会办公室的职责、国家食品药品监督管理局的职责、国家质量监督检验检疫总局的生产环节食品安全监督管理职责、国家工商行政管理总局的流通环节食品安全监督管理职责整合，组建国家食品药品监督管理总局;将国家新闻出版总署、国家广播电影电视总局的职责整合，组建国家新闻出版广电总局;重新组建国家海洋局和国家能源局。经过本次改革，国务院正部级机构减少4个，除国务院办公厅外，国务院组成部门由27个减少为25个。
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