马代拉河是亚马孙河的最长支流，发源于玻利维亚安第斯山地 ，由贝尼河和马莫雷河在巴西-玻利维亚边境的贝利亚镇汇合而成 ，向东北流至马瑙斯以下约150千米处注入亚马孙河。全长3378.9km，流域面积130万平方公里，河宽一般为700～900米。
海轮可自河口上溯 1300 千米，通至韦柳港附近的圣安东尼奥瀑布 。流域内多热带雨林 ，尚未开发，仅有少数印第安人 、 梅斯蒂索人在此采集巴西坚果和橡胶。河口右岸有图皮南巴拉纳斯岛，多沼泽湿地。
马代拉河主要支流之一的瓜波雷河发源于巴西境内帕内西斯山脉西南侧，是巴西与玻利维亚边界的一部分，该河也叫伊特内斯河，全长1800km，流域面积60万平方公里，多年平均流量2000立方米/秒，径流量635亿立方米。贝尼河也是马代拉河中游最大的支流之一，发源于玻利维亚科恰班巴以西塔帕卡里附近，河流全长1609km，其主要支流马德雷河发源于秘鲁库斯科省境内阿塔那亚火山以东大约50km处，河流向东北流。
马代拉河流域内为热带雨林气候，流域的气候温暖、潮湿和多雨，多在2000毫米以上。对该地区气候来说，降水量比温度更为重要。从大西洋吹来的充满水气的风横越南美洲，当到达安地斯山脉的东坡时被迫上升；这样，空气被冷却，并通过冷凝作用失去水分，其结果是大雨滂沱，汇集成大江大河从安地斯山脉向东流去，并形成如此广大的水系。在低地的上空，大面积的对流暴风雨产生很大降水量。
在南半球的冬季有一个一段时间内的旱季，此时盛行风向为东北偏东到东南偏东之间的风，阵风有时达到十分强劲时为疾风。这个季节是游人溯流而上或泛舟顺流而下的最佳时间。
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