一、内斗
公元1851年太平天国在金田起事，一路所向匹敌不到两年时间就攻占当时的江南重镇-江宁（现在的南京），改名为天京，与清朝形成南北对峙。短暂的军事胜利，过早的定都。令太平天国统治高层得意忘形，全然强敌未灭环视四周于不顾，就急于享受。定都后未对之前军事行动进行总结。安逸的生活令太平天国高层丧失了锐意进取的士气，反而因争权夺利而产生嫌隙分化。1856年的天京事变及后来石达开出走事件，极大地削弱和分化了大平天国的军事力量。
二、不得民心
做为中国近代最大规模的农民起义的太平天国运动与中国以前的农民起义还是有很大的区别。它是以拜上帝教为理论基础，它的教义与基督教和天主教很相近，又区别基督教，天主教。刚开始时受到两广地区客家民众的信仰和支持，信徒众多。但进入中原后，大平天国高层未做任何政策性调整。仍然采取仇视，敌视中华数千年来的文化传统，砸孔庙，毁经典，灭僧佛，禁止人民读圣贤之书，不允许民众过中秋，年等民俗。这自然得不到士大夫的支持。
太平天国起事前，洪秀全用“有田共耕，有钱同使”的口号来号召广大官兵为他们打天下。但在打下金陵后，洪秀全等太平天国统治者利用天朝圣库制度收刮民财，不允许人民拥有私财，自已却生活奢侈糜烂，众王妻妾成群，天主洪秀全竟有188个王娘，而底层兵士无立锥之地，生活贪苦。男女分营制度违反人伦令夫不见妻，父不见女，兄不见妹；天国等级森严，下级见了上级必须下跪。平民百姓见了太平天国将官，特别是众王必须回避，否则视为冲撞，轻则鞭笞，砍手砍脚。重则杀头，点天灯。
以上种种不平等，令广大太平天国将士彻底心寒，离心离德。更被普通百姓抱弃，仇视，令他们站在了满清王朝的一边。
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