1549年8月，西方耶稣会传教士到达鹿儿岛（日本九州岛的最南端），基督教从此进入日本。当时，耶稣会的传教活动集中在此地。到1614年时，日本基督徒总数超过了30万。
从丰臣秀吉征服九州开始，日本基督徒受苦受难的日子就开始了。丰臣秀吉将基督徒看作葡萄牙与西班牙对日本殖民的先兆，对其进行“大扫除”—赶走西方传教士、颁布禁教令。
还好，丰臣秀吉不久就病死了，日本的基督徒们弹冠相庆，以为终于可以松口气了，谁知来了个更狠的。德川家康统一日本后，将基督教看作威胁统治的大敌，决定让其在日本彻底消失，其继承者们执行此项任务时更是“用心”。
1597年，丰臣秀吉第一次下手时，只不过在长崎绞死了26名基督徒。而德川家康前后处死了三千多名基督徒，鲜血流遍日本。当时，德川幕府对于日本基督徒的方针是“留教不留头”。当然，三十多万教徒不可能全部杀光，还是要先进行“教育改造”。德川幕府认为，最有效的改造手段就是酷刑。
其中一种手段叫“火攻改造”。不愿弃教的人被赤裸裸绑住后，官吏会问其弃不弃教，每回答一次“不”，烧红的铁棍就在其屁股上“嗤”的一声烙个印。屁股上烙满了就烙后背，昏死过去就浇醒了再烙。有的基督徒还被放在烧红的铁板上，这样一来，他们肯定会乱跳，一不小心摔倒，全身就会被烫得冒烟。如果还不屈服，官吏就开始采用“切攻改造”。
首先从手指切起，基督徒每回答一次“不”，就切掉一根手指，手指切完了，就切鼻子、耳朵等，直到把能看到的器官切完，成为“人彘”般模样。而且，刽子手们还要掌握高超的技术，不能让人在中途死去。
江户时代初期的长崎，由于基督教徒众多，官府人手不够，于是决定“集中改造”。1629年，大量基督徒被移送到云仙的温泉山，洗了一次特殊的“温泉”——赤裸裸的基督徒们被成批推进这个火山口附近的“温泉”，滚烫的热水让整个山间响起了凄惨的号叫声，很多人被当场烫死。
到了德川幕府第三代将军德川家光执政时期，“改造”基督徒的手段更是不断翻新。幕府在品川附近的海滩上立起了很多大石柱，基督徒被倒立绑在这些石柱上。潮起潮落，基督徒们就被水淹来淹去。因为求生本能，他们必须拼命把头仰起来，加上血液逆循环，不少人的眼珠就这样掉了出来。而且，潮水不会将他们马上淹死，人一点点喝进海水后，要半天左右才会被胀死。此中的痛苦，非常人可以想象。
在这些惨绝人寰的酷刑之下，绝大多数信仰坚定的日本基督徒被活活折磨死，意志薄弱的教徒接受过“改造”后，不死也只剩下半条命。就这样，一个酷刑创造的“奇迹”出现了：江户时代此后的两百多年间，基督教远离日本。
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