随着烧尽大地的邪恶魔鸟佐加的到来，毁灭世界的黑暗就要复苏了。
丽娜和大古驾驶着装载了麦格斯动力系统的白雪号去攻击魔鸟。就在迪迦用红色最强形态将佐加消灭后，天空中又飞过两只魔鸟。原来魔鸟不只有一只，世界各地都在受到佐加的攻击。而佐加的登场也只是为“黑暗支配者”的出场做铺垫。
此时，海上电闪雷鸣，一团黑色的雾气从海面蔓延，整个天空都暗了下来。黑雾把无线电信号全遮断了，海豚202号潜艇与总部失去了联络。大家都不知道其实海底的黑暗支配者加坦杰厄已经开始行动了。
要把整个世界吞没在黑暗之中的“黑暗的支配者”加坦杰厄终于浮出水面。除了大古，所有人撤到亚特迪斯号。即使很多人觉得迪迦根本赢不了，但是作为光，也作为人类的大古都无法选择不去战斗，他相信命运可以改变。
危机之时，丽娜的难以自制的一声呼喊，让亚特迪斯号上的所有人知道，原来大古就是迪迦。迪迦胸前的能量灯完全熄灭，失去光的巨人再次化为石像，石像保持着与怪兽战斗的姿势，沉入海底。人类是否会像超古时代一样，走向灭亡的命运呢？
而孩子们却高呼着迪迦的名字，奇迹发生了，世界各地的孩子们化身成一道道光汇聚在城市上空，源源不断向着海底迪迦的石像涌来。
终于，汇集了所有人力量的迪迦，将强大的黑暗支配者消灭。
就像剧中所说，每个人心中都有黑暗的一面，但是更重要的是，每个人心里也有光明的一面。正是人类光明的一面拯救了巨人，也拯救了自己。
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