新中国成立后，中央任命著名起义将领为中华人民共和国第一任水利部长。
傅作义的任命一公布，就有人不服气，讲怪话，说：“老革命不如新革命，新革命不如反革命”。毛主席听说后批评说：你们哪一个人有本事，能把北平20万守军调出北平城，听从我们发落，使我人民解放军不费一枪一炮解放了北平城，保护古都不受任何损失啊！
毛主席这样一说，各方的怨气都消除了。
尽管如此，傅作义刚任水利部长时，水利部领导中还是有人认为他是非党人士，有意贬低、刁难他。对他以部长名义批示的文件，有不同意的表示。因此，在刚开始的一段时间里，傅作义对所有文件在看过之后，不加任何批示，而是由某副部长批示，并形成惯例。傅作义并不介意这个。后来，毛主席发现水利部文件批文没有傅作义的名字，他就敏锐地感到里面有问题。
不久，毛主席在天坛公园遇到了傅作义，他和傅作义先谈了一些其它问题后问：“是不是我们共产党内有人怠慢你？”
“哪里，哪里，您不治我的罪，我就已经感激不尽了。”傅作义诚恳地说：“我是水利问题的‘门外汉’，恐怕胜任不了部长工作。”
毛主席鼓励他说：“不懂你就学嘛！有问题你就去请教群众嘛。要边学边干，哪有天生的内行呀！”接着，毛主席又问傅作义：“水利部文件批文怎么没有你傅作义部长的名字？你在水利部当部长是不是有职无权？”
傅作义说，他工作忙，常外出，副部长批示也是一样的。毛主席听了没作声。很快，毛主席向周恩来通报了这一情况。
周恩来立即将此种不正常的现象专门批示水利部：大小事情，没有傅部长批示，一律无效！要让傅部长列席党组会议，并发表意见。
傅作义没有辜负毛主席的期望，在他担任水利部部长期间，多次深入基层，调查研究，制定规定、指标，兴建水利工程，造福于人民。他每年用四分之一或三分之一的时间，不辞辛苦，跋山涉水，下到全国各大中型水利电力工地，调查研究，检查指导工作。北起白山黑水，南至珠江三角洲，西自黄土高原，东到扬子江畔，几乎都留下他的足迹。
在建设三门峡水电站时，傅作义从黄河下游一直视察到潼关。走到陕县，气温高达40摄氏度，坐着不动都是一身汗，他是年近花甲的人了，仍然不愿多休息一会儿，坚持按计划视察。他每到水利工地，不但了解工程情况，就地解决问题，还要看看工人住的工棚，民工的伙食情况，问寒问暖，关心群众的生活。他有胃病，需要少吃多餐，但他在出差时就带些馒头干，不时地嚼两口。
同时，傅作义还多次视察考察淮河，对根治淮河也做了大量工作。在他的主持领导下，我国水利事业有很大的发展。当别人赞扬他取得的成绩时，他总是说，旧社会坏就坏在那个制度、那个体系，想做的事做不成。新社会好就好在这个制度，在这个制度下，一切难办的事也能办成。
傅作义还始终关心着祖国的统一，他曾经多次以写信、发表谈话和写文章形式，召唤在台湾的旧友旧部回归祖国。1974年2月，傅作义说：“25年的历史充分证明了，我做的确实是一件最正确的事。我现在仍然要劝说你们，你们今天听不进去，但不久的将来就会听进去的，会相信我的话的。当时的奋斗目标是民族独立和国家统一，而大陆解放仅仅20余年的短暂时间里，在伟大领袖毛主席的英明领导下，已经把一个贫穷落后、受人欺凌侮辱的旧中国，一变而为崭新的、强大的新中国。”“台湾是中国人，台湾和大陆是同胞兄弟。为什么不能一块来干？为什么不能一起来分享光荣呢？”
傅作义为人诚恳大方，且平易近人，广交朋友。他家在海淀区原有一个很大的私宅，种了许多晚季的水果树，如梨、苹果、枣、桃、葡萄、核桃等等，收获的水果总派人送给领导同志、朋友们及身边的工作人员分享。
傅作义还经常在自已的私宅，用自已的钱请客，被请的人员包括党和国家领导人、国民党起义将领、友人们。毛主席对这种做法大加赞赏：拿自已的私产请我们大家吃饭，单凭这一点精神，就非常使人敬佩，试想我们中哪一个人能做到。
1974年4月19日，傅作义在北京病逝。23日下午，在八宝山革命公墓礼堂为他隆重的举行追悼会，周恩来总理主持，叶剑英副主席致悼词。毛主席及党和国家领导人均送了花圈。 （刘继兴）
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