中国水利设立时股本总额为660,000 万股，每股面值1.00元。其中中国水电集团持有653,400万股，占总股本的99%；中水顾问集团持有6,600万股，占总股本的1%。股权性质均为国有股。
公司自设立后至今未发生任何股本变化。
中国水电集团为公司的控股股东。中国水电集团始建于20世纪50年代，时称水力发电建设总局，承担水利水电勘测设计、施工任务，隶属于中央燃料工业部，后在国家部委机构调整中，几经合并、拆分，名称有所变化。
1988年8月，经国务院批准，根据国务院机构改革办公室《关于请予办理中国水利水电工程总公司审批登记的函》、建设部《关于同意成立中国水利水电工程总公司的函》（[88]建施字第197号）、能源部水利部《关于成立中国水利水电工程总公司的通知》（[急件]能源人[1988]68号），成立中国水利水电工程总公司，属于全民所有制国有企业，注册资金2亿元，由原能源部和水利部共管，挂靠能源部。
2003年，在国家电力体制改革中，经国务院批准，根据国务院《关于组建中国水利水电建设集团公司有关问题的批复》（国函[2003]25号）、国家经济贸易委员会《关于印发<中国水利水电建设集团公司组建方案>和<中国水利水电建设集团公司章程>的通知》（国经贸电力[2003]270号），在中国水利水电工程总公司及有关企业基础上组建中国水利水电建设集团公司，由中央企业工委监管。后随着国务院国资委的成立，中国水电集团成为由国务院国资委直接监管的中央企业，属于全民所有制国有企业。2005年9月18日，中国水电集团注册资金变更为40亿元，2009年7月23日，中国水电集团注册资金变更为485,103.2万元。发起设立本公司后，中国水电集团主要职能为从事股权管理和资产管理。经审计，截至2010年12月31日，中国水电集团的总资产为12,346,476.21万元，归属于母公司所有者的净资产为1,386,858.47万元，2010年归属于母公司所有者的净利润为266,481.06万元。
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