上海
近日，广州医科大学附属市八医院黄逸辉团队，联合中国科学院生物物理研究所王祥喜团队和前沿技术与新型疫苗药物北京市重点实验室胡雅灵团队，在Protein & Cell发表题为 “An internationally circulating chikungunya virus lineage with distinct mutational signatures was associated with the 2025 outbreak in China” 的研究论文。研究结合临床病例、病毒全基因组测序、全球系统发育及结构生物学分析，系统揭示了2025年中国基孔肯雅热疫情相关病毒的遗传背景、独特突变特征及潜在适应性机制。
2025年，中国广东省佛山市报告本地基孔肯雅热病例，随后疫情波及多个南方省份。研究团队对208例确诊患者开展回顾性分析，并从临床样本中获得164条完整病毒基因组序列。系统发育分析发现，此次疫情相关病毒均属于东/中/南非基因型（ECSA），并高度集中于Clade 2进化分支，提示此次疫情相关病毒具有较为一致的遗传背景。
为了进一步回答“这支病毒有什么不同”，研究团队将目光聚焦于病毒E2-E1结构蛋白上的突变组合。研究人员分析了全球4929条ECSA病毒序列，根据不同氨基酸突变在真实病毒中的组合方式建立“突变组合库”，并按照各种组合在全球序列中的出现频率进行排序。其中，全球出现频率最高的突变组合被定义为Rank 1，占所分析序列的37.1%，代表目前全球ECSA病毒中最常见的突变模式，2025年疫情相关病毒并未呈现全球最常见的Rank 1模式，而是与Rank 4（4.67%）高度吻合：164条疫情相关序列中，有86条与Rank 4突变组合完全一致。
进一步的时空追踪发现，Rank 4并非此次疫情中新出现的突变组合。相关病毒此前已经在非洲、亚洲和欧洲等多个地区被检测到，现有数据中最早可追溯至2018年，并在2024—2025年明显增加。这表明，此次疫情相关病毒更可能是一支具有国际传播背景的既存病毒谱系，而非在本地独立演化形成的新突变型。
研究还发现，Rank 4与全球主导的Rank 1在E2-E1结构蛋白上具有不同的特征性突变。部分Rank 4相关突变位于病毒表面暴露区域、E2-E1亚基界面或受体结合区域附近，其中还包括既往报道与白纹伊蚊适应相关的突变。这提示Rank 4可能沿着不同于Rank 1的分子适应路径演化并获得传播优势，但相关机制仍需进一步实验验证。
临床分析也显示出此次疫情的一些特点。与历史病例相比，2025年病例仍以发热和关节痛为核心症状，但皮疹发生率由44.3%升至74.0%，而肌痛、乏力、头痛、恶心和呕吐等症状明显减少；同时，年龄是与患者出院速度显著相关的独立因素，提示年龄较大的患者恢复相对较慢。
该研究从临床表型、病毒进化、突变组合到结构特征多个层面，对2025年基孔肯雅热疫情相关病毒进行了系统刻画，揭示了一支具有国际传播背景、且具有区别于全球主流模式的独特分子特征的ECSA病毒谱系，为认识基孔肯雅病毒的传播与适应性进化提供了新的线索，也提示应持续加强对潜在流行病毒谱系的临床、基因组、媒介及跨区域综合监测。
图1. 基孔肯雅病毒的流行情况、分子适应机制和结构分析
广州医科大学附属市八医院研究员于海生、中国科学院生物物理研究所博士后王金月、副研究员岳灿为论文共同第一作者，岳灿博士、王祥喜研究员和黄逸辉教授为论文的共同通讯作者。
论文链接：
https://academic.oup.com/proteincell/advance-article/doi/10.1093/procel/pwag063/8812277
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