上海
可变剪接是肿瘤转录组多样性的重要来源，并可产生肿瘤特异性新抗原。然而，鼻咽癌（NPC）中复杂全长转录本及其剪接来源新抗原仍缺乏系统解析。相较于依赖碎片化序列重建转录本的短读长测序 （ short-read sequencing ） ，长读长 RNA 测序 （ long-read RNA sequencing ） 能够直接解析接近全长的 RNA 分子，为发现复杂转录本异构体和新型剪接连接提供了新的技术路径。
近日，香港中文大学 研究 团队在 Genome Research 发表题为 Long-read sequencing reveals widespread novel splicing and neojunction -derived neoantigens in nasopharyngeal carcinoma 的研究论文 。该研究利用长读长RNA测序首次系统解析鼻咽癌的全长转录组，并进一步从肿瘤特异性异常剪接中挖掘潜在新抗原。
研究团队对 18 个 NPC 相关及非恶性鼻咽上皮样本进行 PacBio 长读长测序，共鉴定出 51,115 条高质量全长转录本，系统构建了 NPC 全长转录本图谱。其中， 56.66% 的基因表达两个或以上转录本，新型转录本占全部转录本的约 44.38% ，揭示了 NPC 中广泛存在的可变剪接及转录本多样性。此外，长读长测序还能够直接解析复杂的读通型融合转录本（ readthrough fusion transcripts ） ， 进一步 反映 NPC 转录组结构的复杂性。
研究进一步结合配对短读长 RNA 测序，对长读长鉴定的转录本进行定量，并比较 NPC 与非恶性鼻咽上皮细胞间的表达差异，共鉴定出 9,349 条肿瘤特异性转录本。其中，部分高表达且具有肿瘤特异性的新型转录本进一步通过 RT-qPCR 得到验证。 在此基础上，作者聚焦肿瘤特异性新型转录本中的新型外显子 - 外显子剪接连接（ neojunction ）， 建立 TS-SNAD 分析框架，将长读长解析的新型剪接连接进一步转化为候选新抗原，并结合 多来源非肿瘤对照数据过滤 及患者 HLA-I 分型，优先筛选具有潜在免疫治疗价值的候选新抗原 。 随后，考虑到 HLA-B * 40:01 在 NPC 患者中具有较高携带率（约 29.2% ），研究团队选取 34 条预测可结合 HLA-B * 40:01 的新抗原肽进行 ELISpot 验证， 其中 6 条肽段在 3 名独立供者中均诱导明显的 IFN-γ 免疫应答，从实验层面支持了新型剪接连接来源新抗原的免疫原性。
该研究表明，肿瘤抗原的发现不应局限于基因突变或基因表达层面。长读长测序能够进一步解析转录本和剪接连接层面的肿瘤特异性变化，从而拓展非经典肿瘤新抗原的搜索空间。TS-SNAD框架也为后续开发NPC个体化或共享型肿瘤疫苗提供了可进一步验证的候选抗原资源。
香港中文大学博士生帅仪为论文第一作者，香港中文大学外科学系王鑫教授和解剖及细胞病理学系罗国伟教授为共同通讯作者 。
原文链接： https://genome.cshlp.org/content/36/9/1754
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