北京
转录组测序是医学研究和临床检验的重要方法，广泛应用于基因结构解析、基因表达定量等工作中。既往研究发现，疾病的发生发展不仅与基因“表达了多少”有关，更与RNA“如何被剪接”密切相关。同一基因可以产生多种功能各异的RNA，这个过程被称为“可变剪接”，其中蕴含着大量疾病诊断与治疗的关键分子标志物与作用靶点。然而，“可变剪接”具有跨度大、序列长、结构复杂的特点，转录组测序检测难度较高。如何利用转录组测序获得准确的“可变剪接”检测结果，是目前医学研究领域面临的关键难题之一。
近日，北京医院临床检验中心张瑞研究员和李金明研究员团队，联合复旦大学郑媛婷教授和石乐明教授团队，在国际高影响力期刊《Nature Communications》在线发表题为“Benchmarking RNA-seq with the Quartet and MAQC reference materials to establish best practices for accurate alternative splicing analysis”（中文译名：基于Quartet和MAQC参考物质建立转录组测序可变剪接检测最优方案）的研究论文。该研究首次阐明转录组测序检测“可变剪接”的准确性水平，开发了“可变剪接”检测质量控制工具，并实现检测准确性的大幅提升。
本项研究由北京医院临床检验中心牵头，与复旦大学合作完成。共同通讯作者为北京医院临床检验中心张瑞和李金明研究员、复旦大学郑媛婷和石乐明教授，共同第一作者为北京医院临床检验中心博士后王铎、硕士研究生赵佳昕和复旦大学博士研究生陈清旺。
该研究揭示了数据质量和测序深度是影响“可变剪接”检测准确性的关键因素，明确了信噪比等关键质量控制指标要求。在此基础上，研究团队进一步建立了从数据比对、可变剪接定量、转录本组装到差异分析的全流程分析方案，开发了可变剪接检测一站式质控分析工具ASBench，从“转录本”及“可变剪接事件”两个维度，将定量准确性分别提升35.0%和16.3%，差异分析准确性分别提升29.1%和26.2%。此项研究为“可变剪接”检测领域建立了标准化的技术参考路径，也为转录组测序技术向临床检验场景的转化落地提供了可靠的方法学与工具支撑。
撰稿：临床检验中心 王铎
审校：临床检验中心 马洁 张瑞
科研处 张鹏俊
宣传处 孔竞 冯世领
主编：孔竞 监制：孙可
编辑制作：宣传处 吴一楠
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