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在打蛋分离以后，全蛋、蛋黄、蛋白分别过滤，进入暂存罐，蛋黄和全蛋一般接下来就进行巴氏杀菌，再进行喷雾干燥。蛋白跟蛋黄不同的地方在于半成品罐出来的蛋白液，可以采用类似全蛋和蛋黄的工艺，即进行巴氏杀菌和喷雾干燥，得到杀菌蛋白粉。另一个工艺就是不进入巴杀环节而是进入发酵罐进行脱糖处理，脱糖后的蛋白液再进入喷雾干燥，干燥后的蛋白粉进入热室进行干热灭菌，得到脱过糖的蛋白粉。因为蛋白液中含有的少量糖会使喷雾干燥得到的蛋白粉在贮存期易发生变色而限制了保质期，脱糖处理可使蛋白粉的保质期大大延长。
蛋白粉的加工过程也可进行浓缩提高喷雾干燥的效率：蛋白从半成品罐送到膜分离车间进行浓缩，蛋白中的水被分离出来，因而浓度提高50%以上，然后再进行发酵（脱糖），最后干燥得到粉产品。
经脱糖和喷雾干燥得到的蛋白粉须进行巴氏杀菌，是将喷好的蛋白粉放到烘房中进行足够长时间的热处理，此步操作也称“干热灭菌”，从而杀灭致病菌并将微生物的水平降到极低水平，从而保证产品的质量。
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