Adv Biotechnol | 宋玉龙团队揭示LRS RNA-seq技术在量化A-to-I RNA编辑水平方面具有更高的准确性

在高等真核生物中，多种 RNA 活动能显著增强 转录组 的多样性，比如选择性剪接、选择性多聚 腺苷化 和 RNA 修饰。 RNA 编辑是改变 RNA 转录本中核苷酸序列的一种机制，包括碱基插入、缺失和替换。其中， A-t o-I RNA 编辑被认为是哺乳动物中最为广泛的一种 RNA 编辑方式，比如人体内约含有几百万个 A - to- I RNA 编辑位点。在 A DAR 蛋白家族成员的催化作用下， R NA 上的腺苷（ A ）发生了一个脱氨基反应从而转化为肌苷（ I ），这个过程就是 A - to-I RNA 编辑，而 I 最终被细胞系统和测序仪识别为 G 。 A - to- I RNA 编辑在 RNA 代谢的多个方面发挥着重要作用，比如改变 RNA 的功能和稳定性，等等。总的来说， A - to-I RNA 编辑不仅影响基因表达的调控，还参与了 RNA 的剪接、翻译以及降解等关键过程。同时， A-to-I 编辑在神经系统的发育和功能中也扮演着重要角色，影响神经元的可塑性和信号传递。异常的 A-to-I RNA 编辑与多种人类疾病相关，包括肌萎缩侧硬化、孤独症谱系障碍、精神分裂症、癫痫、抑郁症、癌症、遗传性对称性色素异常症等。因此，准确地定量 A-to-I RNA 编辑的水平，对于研究细胞生物学、基因表达调控及相关疾病的发 生发展具有重要的意义【1-5】。 然而，长期以来， A-to-I RNA 编辑水平定量结果的准确性却被忽视了，特别是二代测序（ NGS ）与三代测序（ LRS ）技术对 A - to-I RNA 编辑水平的定量差异。

2026 年 7 月 22 日，宋玉龙教授研究团队（广州医科大学生命科学学院）于Advanced Biotechnology杂志上发表了题为Short-read RNA-seqyields lower estimates of A-to-I RNA editing levels than long-read cDNA sequencing的研究论文。在该研究中，研究人员对HEK293T和U2OS细胞进行了配对的NGS和LRS cDNA RNA-seq测序。他们的研究揭示，与LRS相比，NGS严重低估了A-to-IRNA编辑水平，并且NGS对于A-to-IRNA编辑水平的低估是普遍存在的，研究人员在多种人类癌细胞系的NGS和LRS RNA-seq数据的分析中确认了这一结果。

宋玉龙教授团队进一步研究发现：导致 A-to - I RNA 编辑水平在 NGS 测序中被低估的主要因素是测序读长的差异，通过分 析各种细胞系的公开 NGS RNA 测序数据，研究人员发现 RNA 编辑水平定量结果的高低与读长之间存在显著的正相关关系。他们还发现，较短的测序 reads 更容易被错误地比对到参考基因组，比如，本来准确的唯一比对变成了多种比对、本来准确的唯一比对变成了未必对，进而导致 A-to-I 编辑水平的低估 。

图 1. NGS 与 LRS 对 A-to-I RNA 编辑水平定量差异的原理示意图。

总的来讲，宋玉龙教授及其研究团队的深入分析结果显示， LRS RNA- seq 技术在量化 A-to-I RNA 编辑水平方面具有更高的准确性。通过对比不同 RNA 测序方法的性能，他们发现 LRS RNA- seq 能够更精确地捕捉到 A-to-I 编辑的变化，从而为相关研究提供了更可靠的数据支持。该团队的研究结果强调了 LRS RN A- seq 在提高量化精度方面的重要性，为进一步理解 RNA 编辑机制及其生物学意义奠定了基础。

广州医科大学为本论文的第一单位。其中，程实老师、博士研究生齐云玲、硕士研究生牙佳琪和博士后夏雷，为该文章的第一作者。广州医科大学的宋玉龙教授、张嘉兴博士和程实老师以及 中山大学附三院的刘秋莉老师为本论文的通讯作者。

原文链接：https://link.springer.com/article/10.1007/s44307-026-00123-w

制版人：十一

参考文献

1. Bazak , L. et al. A-to-I RNA editing occurs at over a hundred million genomic sites, located in a majority of human genes. Genome Res 24, 365-376 (2014).

2. Barbieri, I. & Kouzarides , T. Role of RNA modifications in cancer. Nat Rev Cancer 20, 303-322 (2020).

3. Frye, M., Harada, B.T., Behm , M. & He, C. RNA modifications modulate gene expression during development. Science 361, 1346-1349 (2018).

4. Roundtree, I.A., Evans, M.E., Pan, T. & He, C. Dynamic RNA Modifications in Ge ne Expression Regulation. Cell 169 , 1187-1200 (2017).

5. Maas, S. & Rich, A. Changing genetic information through RNA editing. Bioessays 22 , 790-802 (2000).

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（*排名不分先后）

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