金积堡血战过后，投降首领尽数被杀，老弱孩童流放为奴

同治八年八月，刘松山率军自陕北花马池西进，率先攻克灵州城，随即分兵包围金积堡外围吴忠堡等小型堡垒，清军步步压缩包围圈，切断各处堡寨之间的联络通道。马化龙指挥各部依托堡墙、壕沟分段阻击，利用骑兵频繁袭扰清军粮道，清军补给时常中断，战事陷入僵持。

次年正月，刘松山前往马五寨招抚时，遭埋伏枪击重伤不治，湘军群龙无首，前线攻势全线停滞，各地反抗力量趁机分路反攻，一部分队伍甚至再度攻入陕西境内。左宗棠随即调派刘松山侄子刘锦棠接管北路湘军，重新整合兵力，加固长壕工事，采取掘渠放水、长久围困的办法，断绝金积堡内外水源与粮草往来。此后近一年时间，清军逐层拔除外围五百多座小型堡寨，将金积堡彻底孤立，堡内粮草日渐耗尽，民众只能以树皮、皮革充饥，伤病人员数量持续增加，城防力量大幅衰减。

同治九年十一月十六，走投无路的马化龙带着诸子自缚走出金积堡，前往刘锦棠大营投降，先后分批交出马匹、刀矛、洋枪上千件，主动写信劝降各处仍在抵抗的部众，希望以自身家族性命换取堡内数万老弱百姓保全。清军入城清点物资时，从堡墙夹层、地窖中搜出洋枪一千二百余杆，刘锦棠将缴获情况上报左宗棠，二人商议之后，依照清代处置谋反律例，定下分层处置的方案，区分首领骨干、成年亲属、未成年孩童与普通民众四类，分别执行惩处、流放、异地安置措施。

同治十年正月十三，清军在金积堡外四旗梁设场行刑，马化龙与其子马耀邦、马定邦、马正邦等亲属十三人全部凌迟处死，长期跟随马化龙作战的大小头目、军中官员八十余人同步处斩，一同被俘的一千八百余名精锐部众尽数处决，现场尸骸堆积，是金积堡战役结束后规模最大的一次诛杀行动。

对于马氏家族未成年子弟，马五十六、马五十九、马树邦等十余名孩童，均为马化龙直系孙辈，年龄全部未满十五岁，经审讯确认未曾参与战事谋划与武装行动，依照谋反重犯家属处置条例，统一押送京城内务府施行阉割，之后分批发往新疆各地驻防军营，分配给当地官兵充当奴仆，终身不得返回原籍，也不得与故土亲友互通音讯。家中妇女、未成年女眷则另行发配至福建、广东沿海驻防地区，分给八旗兵丁为仆，终生不得自由迁徙。马化龙同族旁支成年男性亲属，没有直接领兵作战者，统一押解平凉集中关押，之后分遣至云南、两广偏远州县，限制出行，常年由地方保甲严密管控，不得私自离开安置区域。

除去首领与家族亲属之外，堡内一万两千余名老弱普通民众，成为规模最大的安置群体。这批人多为妇女、老人与幼年平民，不曾直接参与作战，清军没有对他们施加刑罚，但严格执行异地迁徙政策，全部分批押送固原山区安置。固原地处六盘山北段，沟壑纵横，土地贫瘠，水源稀少，和金积堡原本富庶的灌溉平原差距极大。官府仅划拨少量荒田，配发简单耕具、种子，没有充足口粮补助，迁徙民众只能依靠开垦山地维持最低生存所需，官府同步在安置地编造户籍，设立十家长、百家长，实行联甲制度，日常出行、相互往来都需要向当地驻军报备，严禁私自结伴返回金积堡旧地。

另一批三千余名原本在金积堡经商、务农的普通民众，被统一送往平凉各县分散安置，平凉虽条件优于固原山地，但官府划定专属居住区域，明确汉民、民众分区居住，不允许混居往来，各地驻军常年驻守安置点外围，随时巡查人口流动。此前跟随马化龙从陕西逃难至金积堡的九千四百余名陕籍民众，单独安置在化平川，此地四面环山，地形封闭，同治十年左宗棠专门奏请朝廷设立化平川直隶厅，派遣通判与营兵常驻，专门管理这批迁徙民众，划定完整隔离居住范围，严格管控人员进出，防止民众私下串联。

除金积堡本地迁徙安置之外，清军同步拆毁金积堡原有高大堡墙，填平壕沟，将整片肥沃灌区划归驻军屯田使用，原有民居全部推倒重建官府驿站、屯兵营房，明令禁止任何民众重返金积堡旧居定居，原本连片的聚落就此荒废多年。此后数年，陆续有少量安置地民众尝试偷偷返回故土，均被巡逻兵丁截获，押送回原安置点，追加徭役作为惩戒，这套禁令长期持续，直至清末才逐步松弛。

马占鳌在太子寺一战大败清军之后主动投降，左宗棠仅下令处决少数领头作战人员，剩余部众就地安置，没有大规模屠杀与孩童流放安排，主要原因在于金积堡战事持续两年，清军损失惨重，三品以上高级将领阵亡二十七名，统帅刘松山战死，清廷认定马化龙长期割据、藏匿军械，存在反复反叛的事实，因此从重处置，以儆效尤。

金积堡血战后，原本集中在宁夏平原的大批民众被拆分至固原、平凉、化平川等贫瘠山区，世代在此耕作谋生，区域经济发展节奏被长期拖慢。严格的户籍管控、分区居住政策，持续数十年，不同族群之间往来长期受限，山区耕地贫瘠、水源不足的客观条件，也让后世很长一段时间内，当地民众都难以摆脱贫苦的生存状态。