贵州
男孩得了一种怪病，放着满汉全席看都不看，偏偏最爱吃融化的蜡烛油。对此王爷一家急得焦头烂额，无奈请来当地名医李时珍，而他只是在一旁仔细观察了2分半就立即知晓男孩的病因。世子得的是一种脾症，得用杀虫治皮药治子。说完李时珍当场开方下药，岂料第二天婢女神色慌张前来禀告，说世子服药后上吐下泻快要不行了。
恰好李时珍走进店内，王爷当即厉声质问，可对方却哈哈大笑：王爷请放心吧，吐泻世子就有救了。眼看气头上的王爷压根不信，李时珍不慌不忙表示只需再等三柱香。三炷香不好，你还想要脑袋吗？说罢王爷命人焚香计时，不等三柱香全部燃尽，世子便夹起面前的鱼肉大快朵颐。
显然原本的怪病已然消除，王爷顿时开心不已，准备把李时珍留在身边委以重任。但面对高官厚禄，对方竟一口回绝，只希望王爷帮他进入太医院，好重修前人的医书本草名录。原来李时珍发现当今市面上的医书混乱不清，时常出现搞错药物的问题，致使患者吃错药后病情加重。
为了彻底杜绝此事，他才想进入太医院重修本草名录。可惜到了这里才发现太医们对此事根本不感兴趣，他们将所有精力都放在给皇帝炼制丹药上，反而因为李时珍的一再坚持遭到其他太医的疯狂抬紧，无奈他愤然离开了太医院，决心亲自整理药材。
当乡亲们听说李时珍要重新编撰本草，纷纷送来各种珍奇药材，但这还远远不够，于是他带着徒弟走遍了全国的名山大川，收集到更多的药材品种。一晃时间过去了两年半，这天在游历途中，他遇见了一位同行老友，几人志同道合随即结伴而行。在三人的共同努力下，他们遍寻高山，整日风餐露宿，花费数十年光阴记下厚厚的手札。
可眼看就要完工，事情却出现了变故。他们刚在一座山上发现几种世间罕见的药材，就遭到一群道士的辱骂和殴打，还将几人抓进了道观。其中一名道长当场将手札丢入火盆，眼看一生心血即将化为灰烬，老友不顾一切挣脱束缚，夺下火盆中尚未燃尽的纸张，接着头也不回拔腿就跑，最终走投无路被道士们逼着坠落山崖。
当李时珍痛哭流涕找到对方的尸身，好在手札安然无恙，又过了数年光阴，此时李时珍已逐渐衰老，但令人欣慰的是本草的手稿基本整理完成。他们找到一位书店的好友，拜托对方尽快完成刻字印刷的工作，但奇怪的是回去后迟迟没得到对方的回应。
李时珍猜测好友那边一定出了变故，至此刻书之事再也没了下文。直到李时珍离世后，他的本草纲目才被刻印成多个版本，甚至译成各种语言流传海外，成为医学史上最权威的著作。
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