上海
撰文丨王聪
编辑丨王多鱼
排版丨水成文
过去几十年来，组织块水平（bulk-level）的转录组测序技术使得对肿瘤样本的全面分析成为可能，研究人员得以将基因表达模式与患者的临床结果相关联。这种方法已成为肿瘤学的基石，通过将分子发现与实际预后意义联系起来，连接了基础研究与临床验证，这一范式至今仍被广泛采用。近年来，随着人们对肿瘤微环境（TME）的关注日益增加，肿瘤由多种细胞群体构成已得到广泛认可，其中非恶性细胞也通过转录组重编程参与肿瘤发生及影响患者生存。然而，此前积累的大多数带有匹配临床信息的测序数据集均为 bulk-level 数据，无法解析特定细胞类型的基因表达情况，也无法探究其与患者预后、尤其是长期生存结局之间的关联。
2026 年 6 月 11 日，复旦大学附属肿瘤医院虞先濬教授与施思主任医师团队合作（唐榕、金礼权、陈晨、廖颖娜、李丁茹为论文共同第一作者），在Cancer Cell期刊发表了题为：Mapping Cell Type-Resolved Transcriptomic Profiles to Patient Survival in Pancreatic Cancer 的研究论文。
传统的组织块水平（bulk-level）的转录组测序，无法将细胞类型特异性的基因表达与患者生存关联起来。该研究整合了 152 例胰腺导管腺癌（PDAC）患者的单核 RNA 测序（snRNA-seq）数据与完整长期临床随访信息，构建了一个将细胞类型解析的基因表达与总生存期相联系的预后图谱，并进一步构建了全球首个实现细胞类型分辨率的癌症预后分析与治疗靶点探索平台——ctPANDA。通过该平台，研究团队鉴定了一个有前景的治疗靶点——PLOD2，并开发出了一种概念验证化合物，可有效降解 PLOD2 并抑制体内 PDAC 的进展。
单细胞分辨率的测序技术已成为分析肿瘤组织内不同类型细胞转录组的强大工具。其中，单核 RNA 测序（snRNA-seq）具有独特优势，可对冷冻保存的存档组织进行分析，从而显著缩短所需的纵向随访时间，并有助于大规模队列的构建。这些特点使 snRNA-seq 特别适用于研究特定细胞类型基因表达与患者生存之间的关联。
胰腺导管腺癌（PDAC）因其若干独特特征，成为以单细胞分辨率将基因表达与患者生存关联的理想模型。首先，PDAC 以预后极差而著称，5 年总生存率（OS）约为 13%。即使接受根治性切除，中位生存期仍低得令人担忧，仅为 10-30 个月。这种快速的疾病进展意味着大多数患者在五年内即达到终点事件（死亡），从而简化了生存研究中的随访工作。其次，PDAC 的肿瘤微环境（TME）具有复杂且独特的细胞组成。胰腺特有的外分泌与内分泌双重功能，使得 PDAC 不仅包含恶性导管细胞和常规的间质/免疫细胞群，还含有分泌消化酶的腺泡细胞以及产生激素的胰岛细胞。这种异质性凸显了针对特定细胞类型进行预后分析在 PDAC 中的重要性。第三，与其他已有靶向治疗改善疗效的实体瘤不同，PDAC 缺乏有效的分子靶点。在细胞类型分辨率下对预后相关特征进行系统性分析，可能揭示这种难治性癌症中可被靶向治疗的脆弱环节。
在这项最新研究中，研究团队整合了 152 名胰腺导管腺癌（PDAC）患者的单核 RNA 测序（snRNA-seq）数据和纵向临床信息，对 120 万个细胞进行分析，构建了一个将细胞类型解析的基因表达与总生存期相联系的预后图谱。
通过单细胞分辨率的空间转录组平台，研究团队进一步分析了 310 万个细胞，并将其空间分布与治疗响应相关联。为推动转化医学研究，研究团队开发了一个提供细胞类型层面预后洞察的交互式平台——ctPANDA。基于该平台，研究团队鉴定出PLOD2是一个有前景的治疗靶点，其在八种细胞类型中的高表达均提示预后较差。研究团队进一步开发出了一种概念验证化合物，可有效降解 PLOD2 并抑制体内 PDAC 的进展。
总的来说，该研究将预后分析从 bulk 水平推进至细胞类型分辨率水平，建立了连接基因表达与临床结局的框架，为靶点发现和精准肿瘤学提供了可操作的新见解。
论文链接：
https://www.cell.com/cancer-cell/fulltext/S1535-6108(26)00257-6
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