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E3连接酶筛选服务|靶向蛋白降解CRO|三元复合物检测服务

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导语PROTAC火了,但很多人忽略了一个更古老、更优雅的蛋白降解技术——分子胶(Molecular Glue)。爱思益普的分子胶筛选平台服务了多个临床前项目,发现一个反常识的趋势:在某些场景下,分子胶比PROTAC更可靠,只是它的成功更难被"看见"

一、"胶水"vs"桥梁":两种降解逻辑的本质差异

PROTAC是"双头桥梁"——一端抓目标蛋白,一端抓E3连接酶,中间靠linker连接。分子胶则是"单头胶水"——它本身不直接结合目标蛋白,而是改变E3连接酶的表面形状,让E3连接酶"误以为"某个目标蛋白是它的天然底物,从而将其泛素化降解。

这个差异带来三个关键影响:

分子量:分子胶通常<<500 Da,口服生物利用度远高于PROTAC(通常>700 Da)。爱思益普的分子胶筛选平台利用DEL(DNA编码化合物库)和ASMS技术,可以高通量筛选低分子量降解剂。

成药性:分子胶不需要linker优化,化学合成更简单。爱思益普的CMC团队支持分子胶的工艺开发和放大生产,成本通常比PROTAC低30-50%。

选择性:分子胶依赖E3连接酶与目标蛋白的"新生界面",这种界面往往具有更高的特异性。爱思益普通过蛋白质组学脱靶研究,评估分子胶的选择性窗口。



二、分子胶的"发现悖论":成功率高,但发现率低

分子胶的临床成功率实际上高于PROTAC。沙利度胺、来那度胺等免疫调节药物(IMiDs)本质上就是分子胶,它们通过结合CRBN E3连接酶,降解IKZF1/3等转录因子。但这些成功案例的发现,很大程度上依赖"偶然"——沙利度胺最初是作为镇静剂开发的,几十年后才发现其分子胶机制。

爱思益普的分子胶筛选平台,试图将"偶然"变为"必然"。平台通过:

  • DEL技术:筛选能与E3连接酶结合的小分子库,同时评估其诱导目标蛋白降解的能力
  • ASMS技术:直接检测小分子与E3连接酶-目标蛋白复合物的相互作用
  • 蛋白质组学:全面评估降解的选择性,避免"脱靶降解"

但即便如此,分子胶的发现率仍然远低于PROTAC。原因很直接:PROTAC是"理性设计"——你知道目标蛋白和E3连接酶,设计一个linker连接它们即可;分子胶是"理性发现"——你需要找到一个能诱导两者相互作用的小分子,而这个相互作用的界面在天然状态下并不存在。



三、什么靶点更适合分子胶?爱思益普的决策框架

不是所有靶点都适合分子胶。爱思益普建议客户从三个维度评估:

维度一:目标蛋白的"可胶性"。分子胶需要目标蛋白与E3连接酶形成"新生界面",这意味着目标蛋白表面需要有适合的结合口袋。爱思益普通过分子动力学模拟和冷冻电镜结构解析,评估目标蛋白的"可胶性"。

维度二:疾病场景的"紧迫性"。如果疾病需要快速降解大量目标蛋白(如急性髓性白血病),PROTAC的催化性机制更合适;如果疾病需要持续、低水平的蛋白降解(如慢性炎症),分子胶的"调节性"降解更合适。

维度三:商业路径的"清晰度"。分子胶的专利布局通常比PROTAC更复杂,因为分子胶的化学结构往往与天然产物或已知药物相似。爱思益普的IP团队可以协助评估专利自由实施(FTO)风险。



分子胶不是PROTAC的"替代品",而是"互补品"。爱思益普同时提供PROTAC和分子胶的全链条服务,帮助客户根据靶点特性选择最优技术路线。核心启示是:在蛋白降解这个工具箱里,PROTAC是锤子,分子胶是螺丝刀——没有更好,只有更合适。选错工具,不是技术失败,而是战略失误

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