逸仙临床生信培训第3天｜大咖领航探生信 变异规范强根基

2026年5月23日，由广东省精准医学应用学会主办，临床生物信息分会、中山大学孙逸仙纪念医院细胞分子诊断中心承办的“第八届逸仙临床生信培训班”进入第三天的课程。在经历前两日密集的专题学习与深入交流后，学员们在知识碰撞与思想启发中收获颇丰。第三天课程延续高水准日程，迎来汇聚国内外权威专家的“大咖论坛”，吸引来自全国23个省、市及特区200余名分子诊断领域专家学者参会。

上午场：大咖论道，深入解析生信要点

广东省精准医学应用学会常务副会长兼秘书长孙炳刚，中山大学孙逸仙纪念医院党委书记杨建林，国家临检中心首席专家李金明教授，美国加州大学圣地亚哥分校宋伟教授，复旦大学肿瘤医院周晓燕教授，广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、广东省中医院郑广娟教授，广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、暨南大学附属第一医院陆元志教授，广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、深圳市妇幼保健院刘文兰教授，广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、广东省人民医院张庆玲教授等专家出席开幕式。开幕式由广东省精准医学应用学会临床生物信息分会主任委员、中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授主持。

广东省精准医学应用学会常务副会长兼秘书长孙炳刚为开幕式致辞

中山大学孙逸仙纪念医院党委书记杨建林线上致开幕辞

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会主任委员、中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授主持开幕式

上午场会议由中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太、广东省人民医院张庆玲、广东省中医院郑广娟、中山大学孙逸仙纪念医院付莎、中山市人民医院孙世珺、中山大学孙逸仙纪念医院张寅六位教授共同主持。

国家临检中心首席专家李金明教授作《肿瘤基因突变高通量测序生物信息学及方法性能确认》报告，围绕肿瘤基因突变NGS生信分析及方法性能验证展开讲解。作为肿瘤基因突变检测的重要工具，NGS与明确检测基因的PCR方法存在显著差异——不仅伴随诊断标志物涉及的基因数量持续增加，新靶标和药物也不断涌现。他指出，目前国内多数实验室虽已开展LDT，但在性能确认方面仍面临不小挑战。李教授认为应从湿实验和干实验两个层面分别进行性能确认，既涵盖引物探针、精密度、分析灵敏度等分析层面的要素，也需明确测序深度、阴阳性判定、cut-off值等质量标准。他还分享了国家临检中心在生信性能确认方面的宝贵经验，如通过计算机模拟测序流程、修改指令以验证是否存在特定index错配等。他强调，不同样本类型需分别开展性能确认，阴阳性判断也应科学设定阈值。

国家临检中心首席专家李金明教授

讨论环节中，学员们意犹未尽地围绕临床生信资质、特殊样本处理及质控等实际工作中亟待突破的难题展开热烈交流。

讨论环节

加州大学圣地亚哥分校临床基因组学和分子病理中心宋伟教授带来《十三年在美临床分子病理行医感悟》。作为实验室中心主任，他负责报告签发、检测panel选定以及推动临床医生接受新技术。宋教授回顾了分子病理的发展历程：从起源于尸检，到伴随新技术不断演进，WHO第三版分类则带来了规范模式的根本性改变。他还特别致敬了Fred Sanger等一代测序发明者对行业发展的重大推动。

宋伟教授介绍道，美国第三方检验实验室占63%市场份额，医院和诊所约占36%，总体规模达28.5亿美元，全国约有350家NGS实验室。面对医保不确定性、医院决策层认识不足及第三方竞争激烈等挑战，他坦言行业仍任重道远。此外，宋教授又分享了美国医师培训路径：4年本科、然后4年医学院、再3—4年住院医师培训及1年专科培训，分子病理医生还有特定的考试与培养体系。他还提及其所在实验室每年处理近1.7万样本，开展82个检测项目，业务量持续增长。

加州大学圣地亚哥分校临床基因组学和分子病理中心宋伟教授

授课结束后，学员们踊跃向宋伟教授提问，并深切感受到中美分子病理体系差异。美国市场的成熟与挑战为学员提供了宝贵参照，也激励了学员们在临床生信之路上不断开阔视野、精进本领。

讨论环节

复旦大学附属肿瘤医院周晓燕教授分享《从数据到诊断－－如何发出一份可信任的NGS报告？》报告。她立足实际工作，围绕NGS报告的全流程质控、结果处理及分析要点展开深入讲解。她首先明确了可靠报告的核心要求，即结果准确、信息全面、报告及时且全程可溯源。在此基础上，污染监测是质控的第一道关口：通过实验室参考品、SNP指纹分析配对样本，以及非配对样本中低频相同突变与临床病理不符时重复检测等手段，严把质量关。而对于低频突变、拷贝数异常或融合等证据不充分的变异，则需借助IGV进行核对，并辅以其他方法验证。

紧接着，周教授结合真实案例，指出流程优化的关键所在。 例如，胃肠道间质瘤因软件参数问题漏检长片段缺失；MSI-H病例的大panel未报拷贝数改变；融合基因检测因质量差未能筛出融合基因。这些案例说明，持续优化生信流程是提升检出率的必要举措。此外，阴性结果同样值得重视，需从基因涵盖、样本质量、生信流程等方面合理解释原因。

而在结果分析与报告环节，周教授进一步区分了不同变异类型的处理策略。 胚系变异需结合家族史进行致病性分析，体细胞变异则要明确其临床意义。针对VUS这一常见挑战，她特别指出其对患者影响较大，报告必须结合临床病理综合判断。最后，报告规范应遵循固定模板，体现共识内容与具体建议。

复旦大学附属肿瘤医院周晓燕教授

学员们在讨论环节围绕各自科室的具体问题向周晓燕教授虚心请教，学习热情高涨。通过这节课，学员深刻体会到每一份报告背后都是对精准与责任的极致追求。唯有严控细节、不断优化流程，方能真正为临床决策保驾护航。

讨论环节

暨南大学附属第一医院陆元志教授带来《乳腺癌PAM通路临床生信解读》。陆教授围绕乳腺癌诊疗的最新进展，从关键药物、基因变异分类、检测建议及真实临床案例系统阐述了PIK3CA-AKT-mTOR信号通路在乳腺癌中的关键作用及其临床转化价值。

他首先从基础研究切入，回顾了PAM通路的发现历程及靶向药物研发的成功路径，并详细解析了该通路调控细胞生长、增殖与代谢的核心机制，强调其在乳腺癌发生发展中扮演的重要角色。

随后，陆教授聚焦临床实践，介绍了当前乳腺癌分子检测的主要技术方法，并指出质量控制是确保结果准确、可靠的关键环节。在基因变异与分类方面，体细胞变异按致癌性分为一至三类，依据药物获批情况而定。不同类型的乳腺癌对特定变异的用药建议也有显著差异。

结合真实病例，陆教授深入解读了PAM通路不同变异形式对临床诊疗路径及患者管理策略的具体影响，向学员展示了分子分型指导下的个体化治疗价值。

最后，陆教授对未来分子检测技术的推广应用及靶向药物的临床前景进行了展望，呼吁加强多学科协作与生物信息学能力建设，以推动乳腺癌精准医学的持续发展。

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、暨南大学附属第一医院陆元志教授

本节报告内容丰富、理论与实践并重，不仅为学员们提供了前沿视角与实用指导，还让大家深刻认识到基因检测已深度融入乳腺癌全程，临床生信人员需精准梳理报告信息、解析变异意义、合理选择检测范围，才能更好地助力临床决策。

讨论环节

深圳市妇幼保健院刘文兰教授带来了《WES变异解读的重点与难点分享》，就全外显子测序变异解读重点难点进行专题分享。他首先简单介绍了深圳妇幼保健院WES的检测数据，包括样本量、家系检测率，还有不同系统的检出率。接着，他指出WES解读的几个难点：一方面是数据库更新滞后带来漏检的风险，他强调单一数据库远不足以评估变异，需要交叉查询不同数据库，并结合表型与临床医生充分沟通，指出实验室应建立基于文献的内部基因－表型评估体系、并经常更新，是提升解读质量的重要方向；另一方面是VUS的解读难题，刘教授结合不同的案例，分享其实验室关于VUS处理的宝贵经验，如新增表型重分析，结合家系证据做风险评估等，为产前决策提供了关键依据，令学员深受启发。

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、深圳市妇幼保健院刘文兰教授

WES不是万能，WES变异解读也绝非单纯的打分，而是一场多证据整合、多学科协作的系统工程。每一份报告背后都承载着一个家庭的期待，唯有不断积累、保持审慎、持续更新，才能让冰冷的测序数据真正转化为温暖的临床帮助。

讨论环节

上午的“大咖论坛”在热烈研讨与交流中落下帷幕。中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授在论坛总结中，由衷感谢各位分子领域专家围绕质控、国际经验、报告解读、乳腺癌诊疗及遗传病分析等方向倾囊相授，为培训班学员开阔了眼界、带来了深刻启示。

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会主任委员、中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授做会议总结

上午论坛前沿的学术观点与丰富的经验为全体学员打开了思路，也让大家对临床生信工作中的变异解读、报告规范等核心痛点有了更深刻的认识。前沿的研讨为临床实践指明了方向，而标准化的操作规范正是将这些思路落地的关键。

上午场主持风采：

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会主任委员、中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授（左），广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、广东省人民医院张庆玲教授（右）

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会常务委员、中山大学孙逸仙纪念医院付莎教授（左），广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、广东省中医院郑广娟教授（右）

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会常务委员、中山大学孙逸仙纪念医院张寅教授（左），广东省精准医学应用学会临床生物信息分会副主任委员、中山市人民医院孙世珺教授（右）

下午场：指南赋能，系统掌握变异分类

下午课程聚焦“体细胞变异分类基础” ，围绕致癌性分类与临床意义分类两大核心展开授课，内容涵盖ClinGen指南、AMP指南、常用数据库（如OncoKB、ClinVar）的使用，以及功能证据、预测性证据和癌热点等关键证据类型的实践应用。

中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授首先带来《体细胞变异分类ClinGen指南简介》，他通过系统介绍2022年发布的ClinGen肿瘤体细胞变异分类指南，为学员梳理了从变异识别到临床决策的完整分析流程。

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会主任委员、中山大学孙逸仙纪念医院欧阳能太教授

欧阳教授特别强调了体细胞变异分类报告规范在肿瘤检测中的重要性，指出应首先进行致癌性分类。自2022年起，国内逐步采用ClinGen指南，其核心分析流程包括变异识别、注释、致癌性分类、临床意义分类及临床决策五个环节。其中，致癌性分类针对热点变异，可直接认定其致癌性；对于非热点变异，参照证据打分体系，分为致癌、可能致癌、意义不明、可能良性、良性五类。值得注意的是，致癌性分类自动分析尚不成熟，需临床生信员们审慎判断。而对于临床意义分类，依据FDA批准药物及专业指南证据级别，确保报告准确反映变异对临床决策的影响。同时，报告应明确药物仅为分类证据，不作用药推荐。最终临床决策依托MTB多学科讨论，由临床肿瘤医生、分子病理医生、肿瘤生物学家、生物信息学家等，共同达成最佳临床决策，制定规范化个体化诊疗方案。

通过这节课，学员更加深刻认识到熟练掌握权威分类指南、重视临床生信分析和多学科协作，是将测序数据真正转化为临床价值的关键所在。

中山大学孙逸仙纪念医院廖健伟教授通过解读《肿瘤基因变异临床意义分类AMP指南简介》，着重介绍了AMP指南于2017年由三大权威机构联合制定，旨在统一肿瘤检测报告标准，打通与临床之间的沟通壁垒。

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会常务委员、中山大学孙逸仙纪念医院廖健伟教授

廖教授表示在临床意义分类方面，主要依据FDA批准的靶向药物及专业指南证据等级，将变异分为四类：

I类变异：强临床意义（具有A级或B级证据）

Ⅱ类变异：潜在临床意义（具有C级或D级证据）

Ⅲ类变异：意义不明确（VUS）（临床结论不明确）

Ⅳ类变异：良性/可能良性（不报告）

对应的证据等级分为四类：

A级：可作为FDA批准治疗某种特异性肿瘤的生物标志物，或被收录于某些特殊类型肿瘤的诊断、治疗、预后评价的权威指南。

B级：较大规模的临床研究证实，且取得临床专家共识。

C级：在其他癌种中的A级证据，或者已作为临床试验的筛选入组标准，或者有多个小型研究支持。

D级：临床前研究，或者是病例报道支持。

通过几例临床案例，廖教授为大家详细展示了临床意义分类的应用，有效帮助学员们厘清了思路。他还强调在报告实践中需特别注意：同一基因突变在不同癌种中分类可能不同；应遵循先基因后疾病、按证据级别分类的原则；高突变丰度且无正常对照时，建议进行胚系验证；报告应同时呈现分类及依据，并借助数据库与生信软件辅助判断。

廖教授也表示新版指南预计今年二季度或三季度将会推出，将进一步细化变异分类及生物标志物以及报告规范。

学以致用，准确理解并运用AMP指南，是确保肿瘤基因报告临床价值、真正服务患者的关键所在。

中山大学孙逸仙纪念医院付莎教授围绕OncoKB 与 ClinVar 两大数据库的实操应用展开详细讲解，为学员们在查找证据时提供了实用工具。

广东省精准医学应用学会临床生物信息分会常务委员、中山大学孙逸仙纪念医院付莎教授

付教授介绍，OncoKB由MSKCC开发，专注于肿瘤体细胞变异的临床可操作性，聚焦变异与治疗方案的关联，不仅可实现基因位点、突变类型、肿瘤病种、靶向药物等多维度精准检索，其证据等级涵盖治疗与耐药，还具备高效批量变异注释、变异临床价值研判等实用功能，临床指导实用性极强，数据库近期新增多种药物推荐，支持泛癌种标志物。但2026年起网站需注册使用，学术交流部分权限免费，且数据侧重欧美人群（OncoKB：https://www.oncokb.org/）。

而ClinVar（ClinVar：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ ）是NCBI维护的免费数据库，其整合了多个数据库，全面收录人类胚系遗传变异与肿瘤体细胞变异相关数据。支持精准检索和数据批量下载，方便临床生信分析人员整合分析，还可横向对照多方研究结论，有效核验不同来源下基因变异分类判定的一致性与规范性。查询时需注意参考序列，其星级评审机制可评估证据可信度，星级越高结论越可靠。该库覆盖全面、免费开放、证据可溯源，但体细胞变异内容有待完善。

付教授对两个数据库进行对比总结，ClinVar每两周更新，侧重胚系变异；OncoKB每三个月更新，适合体细胞治疗指导。学员们可根据场景灵活选择。

中山大学孙逸仙纪念医院蒋圆玲、黄永胜等老师分别聚焦功能证据OS2的使用、预测性证据OS1与OM4的使用以及癌热点及其它证据的使用进行授课，系统覆盖了体细胞变异解读从指南依据、工具使用到不同证据层级应用的全流程。

蒋圆玲老师围绕功能证据OS2及其应用展开深入讲解，为学员在变异致癌性评级中提供了实操指导。她表示，一个well-established功能实验需满足：实验设置合理、具备生物学相关性、经多个独立实验室验证结果一致且实验类型符合致癌性评估要求。

中山大学孙逸仙纪念医院蒋圆玲老师

蒋老师以BRAF、EGFR基因为例，实际讲述了OS2的使用过程中的升降级规则。她还介绍了OS2与其他证据（SBS2\OS1\OM1）的联动，并提醒：使用OS2前需确认功能实验针对碱基变异；高分文献不等同于well-established实验，需仔细评估设计与对照；不可将OP1误用为OS2。而操作流程上，建议优先使用OncoKB和ClinVar检索，再手动查PubMed，进行质量评估、强度判定并做好记录。

功能实验证据的审慎解读是变异致癌性分类的基石，唯有严谨评估实验质量，才能做出可靠的变异分类。

黄永胜老师围绕肿瘤体细胞变异临床解读中的三类核心证据——肿瘤热点、计算机预测及人群频率进行了系统且深入的讲解。

中山大学孙逸仙纪念医院黄永胜老师

黄永胜老师首先对关于肿瘤热点证据，明确将其划分为三种类型：OS3、OM3与OP3，并结合具体基因变异实例加以说明。此外，这三类证据各自均有相应的使用注意事项（如适用条件、证据等级限制等），需在实际判读中谨慎对待。其次，在计算机预测证据方面，涵盖OP1、SBP1、SBP2等主要类型，并强调一个关键原则：即便采用多个不同的计算机预测工具，这些工具产生的结果仅能合计作为一次证据使用，不可重复计数。最后，关于人群频率证据，涉及OP4、SBVS1、SBS1等类型，推荐使用gnomAD数据进行频率查询与评估。

上午的大咖论坛让学员受益匪浅，下午的课程同样干货满满、启迪颇深，既有体细胞变异分类指南（ClinGen/AMP），更有各组证据使用及实操案例。各位讲者专业严谨、案例设计精心，让学员对致癌性分类与临床意义分类的每一条证据项都有了更深刻的理解，而一步步的检索、评估、联动操作让抽象的指南真正落地。一日精进，自大咖论道至体系拆解，从指南要义到证据研判，所思所悟皆为变异解读筑牢根基。