生物技术专利“序列同一性”困局及出路

本文结合专利审查与司法实践典型判例，拆解序列同一性困境成因、审查现状，给出全周期可落地的应对策略，直击“授权与保护脱节”的行业痛点。

作者：许惠铭 北京艺识代律师事务所

引言

在生物技术专利申请与维权一线，序列同一性正成为横亘在申请人与审查员之间的核心争议：申请人希望通过“序列同一性+功能限定”覆盖功能性变体，获得合理保护；审查员却普遍收紧标准，强制将同一性限定为100%。这种“授权易、维权难”的错位，让大量专利看似获权，实则面对第三方规避设计毫无招架之力，沦为市场竞争中无用的“纸老虎”。

本文结合专利审查与司法实践典型判例，拆解序列同一性困境成因、审查现状，给出全周期可落地的应对策略，直击“授权与保护脱节”的行业痛点。

一

问题核心：宽泛序列同一性为何“过不了审、护不住权”？

生物技术领域中，蛋白质类发明的专利保护通常采用“序列同一性”加“功能限定”的方式撰写权利要求，例如：“一种具有Y功能的蛋白质，其与SEQ ID No.1具有至少60%的序列同一性”，意图覆盖天然同源物、人工改造变体，实现宽范围保护。但在实务中，这类权利要求往往面临审查不通过、授权挡不住侵权的双重困境。

（一）审查端：宽泛同一性直接被驳回，被迫缩至100%

实质审查中，“同一性≥60%”这类宽泛限定几乎难以通过，审查员核心质疑集中于两点：

• 保护范围过大，说明书实验数据无法支撑，不符合专利法第二十六条第四款（权利要求需得到说明书支持）；

• 本领域技术人员无法根据公开信息，合理预测不同同一性比例下的变体均能保留核心功能。

最终结果往往是：申请人被迫将同一性逐级压缩至95%、98%，甚至100%，才能顺利获得授权。

（二）维权端：100%限定形同虚设，规避设计轻松绕开

即便拿到授权证书，专利保护也极易落空。第三方只需借助常规分子生物学技术，执行两类简单修改：

• 在非必需位点做单点/多点突变；

• 在序列N端/C端添加非功能性氨基酸标签。

修改后的变体保留核心Y功能，但序列同一性略低于授权范围，完全跳出字面侵权范围。此时专利权人陷入尴尬：对方实质沿用核心技术，却因序列不完全一致，侵权诉讼胜诉概率极低。

二

典型判例

案例1：枯草杆菌蛋白酶变体专利无效案（授权审查标杆）

01

案号

(2025)最高法知行终904号

02

案情

涉案专利保护枯草杆菌蛋白酶变体，权利要求1限定与SEQ ID No.1序列同一性≥93%，同时包含S9E、Q206L、L262E三个特定位点取代，要求保护具有蛋白酶活性且在液体洗涤剂中储存稳定性改善的酶变体；从属权利要求进一步限定≥95%。

争议焦点：以“93%序列同一性+功能限定+关键位点取代”的组合限定，是否得到说明书支持、保护范围是否过大。

03

裁判要点

序列同一性并非孤立数字，需结合功能限定+关键位点取代+本领域公知常识综合判断；

并非所有比例都需要逐一实验数据，关键在于本领域技术人员能否根据公开的结构—功能关系合理预测变体功能；

若同一性比例允许突变位点过多、组合过于庞杂，且无法区分限定突变与其他突变的效果贡献，则该同一性比例难以得到说明书支持。

04

实务启示

仅靠宽泛同一性比例易被质疑，同一性+关键位点+功能三重限定更易获得支持；

说明书提前披露保守区、可容忍突变、功能验证数据，是对抗“得不到说明书支持”的核心证据。

案例2：纯白色真姬菇（白玉菇）菌株专利侵权案（维权认定标杆）

01

案号

(2020)最高法知民终1602号

02

案情

专利权人拥有“纯白色真姬菇菌株”发明专利（ZL201310030601.2），权利要求以保藏编号限定保护范围。被诉侵权产品为市售白玉菇，被告主张应当采用全基因组测序比对，不应仅以专利记载的特异性片段进行鉴定。法院采信的鉴定意见：

ITS rDNA序列：二者与斑玉蕈参考序列相似度均达到99.9%，同属斑玉蕈（白玉菇/真姬菇/蟹味菇）；

专利特异性975bp DNA片段：第1位至第975位完全相同；

形态学：菌盖、菌褶、菌柄的颜色、形状、排列等特征基本相同；

结论：二者属于同种菌株。

03

裁判要点

微生物专利侵权认定，无需全基因组测序；

专利说明书记载的株特异性分子标记（SCAR标记）合法、有效，可作为核心比对依据；

以特异性片段完全一致+形态一致，直接认定落入专利权保护范围。

04

实务启示

申请阶段在说明书中明确特异性分子标记/保守区段，可大幅降低后续维权举证难度，避免被不合理要求进行全基因序列比对。

三

授权阶段策略：在“稳授权”与“留空间”之间找平衡

面对审查员的严格标准，申请人不能被动妥协，可通过提前布局、分层设防、数据论证，既保证获权，又为后续维权保留空间。

1. 申请阶段：说明书明示结构信息，筑牢基础

原始申请文件中，建议明确披露以下关键信息，为变体保护提供支撑：

• 划分保守区与非保守区：通过序列比对、结构域分析，标注出对功能至关重要的保守区域（如活性中心、结合位点）以及非必需区域；

• 列明可允许突变类型：结合现有技术，说明哪些类型的突变（如末端添加、保守氨基酸替换）通常不会影响蛋白质功能。例如，可以记载“第A位至第B位氨基酸构成活性中心，该区域外的保守性替换通常不会导致功能丧失”或“试验表明，在N端/C端添加标签序列不影响蛋白活性”；

上述记载不仅能为后续主张“等同侵权”提供说明书支持，也可在审查阶段用于论证“本领域技术人员能够合理预测变体的功能”。

2. 审查应对：独立权要求稳，从属权要求全

当审查员要求限缩同一性时，采用“核心收窄+多层防御”策略：

• 独立权利要求：适度妥协至100%同一性，确保核心技术方案快速授权；

• 从属权利要求：完整保留95%、90%、80%等低同一性变体、功能域变体、不同用途与制备方法，为后续复审、无效、侵权认定预留依据。

3. 实验数据：无数据讲逻辑，有数据补关键

针对审查员“数据不足”的质疑，分两种情况应对：

• 无实验数据：可论述本申请所限定的功能保留变体，并非单纯依赖序列同一性比例进行限定，而是基于‘非必需位点突变+功能保留’这一本领域常规技术手段进行限定。本领域技术人员根据本申请公开的结构—功能关系，结合公知常识，即可明确知晓非必需位点的突变不会影响蛋白质Y功能，无需创造性劳动即可合理预测。非必需区域（非活性中心、非结合位点、非保守区域）的常规突变、末端氨基酸添加、保守氨基酸取代，均属于本领域常规技术手段，不需要每个变体都补充实验数据，这符合专利法第二十六条第四款的规定；

• 有部分数据：补充关键突变体活性数据，证明适度序列变化不影响功能，争取将同一性维持在95%/98%，避免直接锁死100%。

四

维权阶段策略：善用等同原则，突破字面限制

专利授权之后，若第三方通过非必需位点突变等方式实施规避设计，专利权人不应因序列非100%相同而放弃维权。侵权认定中的“等同原则”这个工具可以考虑援引。

1. 等同原则适用逻辑

依据《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》，等同特征是指与所记载的技术特征以基本相同的手段，实现基本相同的功能，达到基本相同的效果，并且本领域普通技术人员在被诉侵权行为发生时无需创造性劳动就能够联想到的特征。

对于规避设计的变体蛋白，专利权人可重点论证：

• 被控侵权方案的突变位点属于非必需区域；

• 修改未改变蛋白质的核心功能（也就是Y功能）；

本领域技术人员在被诉侵权行为发生时，无需创造性劳动即可将该变体与专利技术方案建立联系。

2. 举证论证要点

在诉讼中，建议围绕以下方面构建论证体系：

• 说明书内部证据：用申请阶段记载的保守区/非保守区划分、可允许突变说明，支撑等同主张；

• 外部技术证据：借助专家证言、公知技术文献等，证明被控侵权变体的突变位点确属非必需区域，且功能未发生实质性改变；

• 聚焦发明实质：强调对方规避设计所利用的正是专利发明所披露的“结构—功能关系”的实质内容，而非真正绕开了技术贡献。

五

小结：序列同一性之争，是授权与保护的系统权衡

生物技术专利中，序列同一性权利要求的争议，本质是“授权确定性”与“保护有效性”的权衡。单一追求宽范围易被驳回，一味妥协至100%又丧失保护力，唯有全周期布局才能破解困局。

阶段

核心策略

申请阶段

说明书明确保守区/非保守区，为变体保护打基础

审查阶段

独立权利要求适度收窄确保授权，从属权利要求保留变体、用途、方法等多层防线

维权阶段

善用“等同原则”，聚焦被控侵权方案是否利用了发明的实质内容

专利保护从来不是“一纸授权书”即可高枕无忧，而是贯穿申请、审查、维权全周期的系统性工程。面对审查员对序列同一性日趋严格的审查标准，唯有提前布局、灵活应对、科学论证，方能让专利从“纸老虎”变成市场竞争的真正屏障。

（本文仅代表作者观点，不代表知产力立场）

封面来源 | AI